Mariano Paredes tuvo no sólo los problemas del debate monarquía-república y de la invasión de Estados Unidos. En el interior del país, varias asambleas departamentales mantuvieron oposición al Plan de San Luis, como las de Sinaloa y Nuevo León. La Asamblea de Yucatán, por otros motivos, el 1º de enero de 1846, se separaba de México y desconocía, por lo tanto, al gobierno establecido en la capital de la República.29 Pero además de la oposición de algunos departamentos, la principal contradicción la tuvo de los federalistas, tanto moderados como puros. De los moderados, porque de alguna manera habían sido lanzados junto con el Presidente Herrera, sobre el que ejercían gran influencia. De los puros, porque venían trabajando por la caída del gobierno de Herrera. El levantamiento de Paredes había frustrado sus planes, pero fue una oportunidad para acelerar los planes conspiradores para acceder al poder. Los puros podían capitalizar a su favor las fuerzas contrarias al régimen pro monárquico de Paredes. Otro grupo que esperaba una oportunidad era el santanista. El general Antonio López de Santa Anna había sido arrojado de la silla presidencial, por sus excesos, en diciembre de 1844. Los federalistas moderados habían sido los artífices del movimiento contra Santa Anna. El general jalapeño había logrado "salvar el pellejo" y en los primeros meses de 1845 fue amnistiado y exiliado a la isla de Cuba.
Todos los elementos estaban dispuestos para que se anudaran combinaciones posibles de grupos políticos para derrocar a Paredes. Santa Anna había tenido problemas con los federalistas puros en 1833-1834 y en 1842. Al parecer los detestaba. Sin embargo, quienes habían causado su ruina y persecusión en 1844 habían sido los moderados. Por otra parte, el general Santa Anna era el "campeón" de la república y hasta esa fecha nadie había desmentido su fe republicana. Una alianza con los monarquistas era impensable en ese momento. Santa Anna, tampoco, nunca había podido llevarse bien con los centralistas, porque éstos siempre quisieron limitar la acción del caudillo.
La única combinación posible era la de unir a Santa Anna con los federalistas puros, experiencia que ya se había dado en los años de 1833 y 1834 y que había terminado en un fracaso rotundo. El pragmatismo político de ambos podía pasar por alto experiencias del pasado. Podía darse lo que después llamarían la unión del Ejército con el pueblo.
Poner en contacto a Santa Anna con el líder de los puros, Valentín Gómez Farías, no fue difícil, porque el segundo en importancia del Partido Puro, Manuel Crescencio Rejón, estaba también desterrado en La Habana, Cuba. Rejón fue el pivote de la conspiración y de la unión de Gómez Farías con Santa Anna. Fue difícil convencer al líder liberal, porque tenía al general jalapeño en el concepto de "oportunista" y "corrompido". Sin embargo, pesaron más las consideraciones de tipo pragmático. Gómez Farías no podía tener éxito si no contaba con un militar de prestigio que pudiera influir en gran parte del Ejército. Por su parte, Santa Anna necesitaba una nueva imagen, que lo redimiera de los pecados del pasado.
Hacia mediados de 1846, Manuel Crescencio Rejón había logrado su objetivo. Valentín Gómez Farías escribía al caudillo militar: "La apreciable de U. fecha 20 del corriente está en mi poder. Según se expresa U. en ella no estamos muy distantes de convenir y nuestras opiniones, bajo muchos aspectos, están en consonancia"30. Pero no solamente ambos estaban llegando a un acuerdo sobre los principios básicos de la revolución, sino que estaban trabajando intensamente para extender sus redes de conspiración para que la revolución tuviera éxito. Gómez Farías escribía a José María Luis Mora, el 29 de agosto de 1846, una vez que la revolución había triunfado, para relatarle, entre otras cosas, cómo se había gestado el movimiento contra Paredes: "(…) El General Santa Anna desde su destierro me escribió manifestándome un deseo ardiente de contribuir a salvar a nuestra patria, amenazada ya tan de cerca por sus enemigos exteriores e interiores. Entablamos con este fin una correspondencia en la que cada vez me daba más pruebas de su lealtad y patriotismo. Unidos íntimamente a consecuencia de esto me dirigí a mis numerosos amigos en los Departamentos y el General Santa Anna hizo otro tanto con los militares, previniéndoles que se pusieran enteramente a mis órdenes. Con estos elementos inicié la revolución en Jalisco y pronto fue secundado el grito dado allí en otros puntos"31.
Antes del levantamiento de Jalisco, en el sur, el general Juan Álvarez se pronunció desconociendo el gobierno de Paredes; pidió el restablecimiento de las instituciones federales y el regreso del general Santa Anna a la Presidencia de la República.32 De mayor trascendencia fue el levantamiento de la guarnición y de las autoridades de Mazatlán, el 7 de mayo de 1846. El Plan de Mazatlán, como todos los posteriores, tenía un mismo patrón de ideas, salido de la conspiración de los puros y de Santa Anna: se desconocía el gobierno de Paredes porque había intentado establecer la monarquía, porque había desconocido la soberanía del pueblo con la Convocatoria y porque Paredes se había convertido en dictador; en consecuencia, la Nación desconocía el gobierno y la Convocatoria, llamaba a un nuevo Congreso para constituir a la Nación bajo el régimen republicano y convocaba al general Santa Anna para restituirlo en la Presidencia de la República.33
El 20 de mayo, la guarnición de Guadalajara se pronunció contra el gobierno del general Paredes y Arrillaga. El "Plan" era una copia casi exacta del anterior de Mazatlán con dos adiciones importantes: el nuevo Congreso sería convocado con la ley para las elecciones de 1824 y se garantizaría la existencia del Ejército.34 Ambas aspiraciones eran resultado de las negociaciones y acuerdos entre el caudillo militar y el líder de los liberales puros. Todo apuntaba hacia el restablecimiento de la república federal, pero con la participación y garantías debidas a la "benemérita" clase militar. Parecía que se lograba la anhelada unión entre el Ejército y el pueblo. Como vimos anteriormente, el régimen de Paredes se desmoronaba entre los meses de junio y julio, sin que el líder de la asonada de San Luis pudiera hacer algo concreto para evitar el colapso final. Faltaba el pronunciamiento en la Ciudad de México, único medio para que una revolución tuviera éxito.
El 4 de agosto de 1846, el régimen pro monárquico de Mariano Paredes y Arrillaga vivió su drama final. En la Ciudadela, el general Mariano Salas y Valentín Gómez Farías hicieron el pronunciamiento. El Plan de la Ciudadela constaba de seis artículos y reproducía las ideas del Plan de Guadalajara a la letra. El 6 de agosto las fuerzas del gobierno capitulaban y el 7 el general Mariano Salas tomaba el Poder Ejecutivo, mientras que el general Santa Anna llegaba a la Ciudad de México.35
La revolución del Ejército y el pueblo había triunfado. El general Paredes salía al exilio. El general Santa Anna regresaba triunfante a su patria, llamado para dirigir el país en la crisis más grave de su historia. A mediados de agosto llegó el general Santa Anna a Veracruz y dio un Manifiesto a la nación. El general veracruzano pedía dos medidas que satisficieron grandemente a los federalistas puros: que el próximo Congreso, además de ser constituyente, estuviera revestido de los poderes de un Congreso normal, y que, para evitar el desorden, la Constitución de 1824 estuviera vigente mientras el Congreso redactaba la nueva Constitución. El documento, además, contenía manifestaciones claras del republicanismo de Santa Anna. Gómez Farías podía dormir tranquilo, porque el general jalapeño había ido más allá de lo que esperaba: declararse abiertamente por el federalismo y la Constitución de 1824.36 Ambas sugerencias de Santa Anna fueron atendidas por el gobierno y convertidas en dos decretos del 22 de agosto: uno restableció la Constitución de 1824 y el otro amplió las facultades del futuro Congreso.37
El 14 de septiembre, Santa Anna hizo su entrada triunfal en la -Ciudad de México. Para los efectos, el Ayuntamiento levantó un arco triunfal en la Calle de Plateros. Santa Anna y Gómez Farías viajaron en el mismo coche y la "leperada" quitó los caballos y cargó con los representantes del Ejército y del pueblo. Carlos María de Bustamante, con su inigualable humor ácido, describe el arco triunfal y los negros augurios de esta unión: "En la parte superior se presenta un soldado y un ciudadano desarrollando el código, rodeados de nubes; gran quimera porque jamás harán maridaje, y así se hermanan como la gracia con el pecado; esta es una aversión engendrada en el año de 1833, y en la que tuvo gran parte Santa-Anna disolviendo los cuerpos cívicos é hijitos predilectos de Gómez Farías"38. De todas formas, Santa Anna no tenía intenciones de gobernar. Estuvo el tiempo estrictamente indispensable en Tacubaya y salió hacia la Ciudad de San Luis Potosí para formar y concentrar un poderoso ejército que detuviera el avance de Zacarías Taylor hacia el centro de México.
