El general Salas se encargó del Ejecutivo por el movimiento de la Ciudadela. Nombró ministro de Relaciones a Manuel Crescencio Rejón, de Guerra a Juan N. Almonte, de Hacienda a Valentín Gómez Farías y de Justicia a José Ramón Pacheco. Eran los primeros días de la revolución y los liberales puros veían un panorama prometedor. Gómez Farías escribía a Mora: "Mi trabajo es incesante, porque el general Salas encargado provisionalmente del Ejecutivo, hombre honrado y patriota, nada quiere hacer sin consultarme"39.
El gobierno provisional del general Salas tenía una tarea importante que cumplir: convocar a elecciones para formar el nuevo Congreso Constituyente, reorganizar el gobierno de los estados, nuevamente constituidos por la vigencia de la Constitución de 1824, organizar el proceso de las elecciones entre septiembre y diciembre de ese año y hacer frente a la guerra con Estados Unidos de América. Para lograr estos objetivos, el gobierno necesitaba mantener unida a la élite política. Los monarquistas estaban completamente derrotados y los centralistas no tenían cohesión ni fuerza para constituir una amenaza. Sin embargo, ahí estaban los federalistas moderados que pensaban capitalizar la revolución en su favor. Los moderados tenían relaciones y un grupo muy activo y organizado. Su líder, Manuel Gómez Pedraza, desde los años treinta, era enemigo irreconciliable de Valentín Gómez Farías.
Poco tiempo duró la unidad en el gobierno, y desde agosto de 1846 hasta mayo de 1848, el antagonismo entre las dos facciones del Partido Liberal sería una de las causas principales de la derrota final. Aunado a esta lucha de las facciones, otro gran trastorno fue causado por el regreso al sistema federal. En los estados, las Asambleas departamentales desaparecieron y se eligieron Congresos locales; también los gobernadores fueron removidos, para ser sustituidos por personas incondicionales a la facción pura. Así, por ejemplo, en Tabasco, Juan Bautista Traconis hizo la revolución en el estado, pero Valentín Gómez Farías impuso como gobernador a Justo Santa Anna, un amigo de Manuel Crescencio Rejón.40 Esto trajo problemas en la estabilidad política del estado de Tabasco.41
Los meses de septiembre, octubre y noviembre no serían estables ni fáciles para los federalistas puros. El gobierno del general Salas no estuvo, en estos meses, a la altura de las expectativas de los puros. Rejón y Gómez Farías dejaron de influir en el Presidente Salas, y el ministro Pacheco, de tendencias moderadas, comenzaba a ser tomado más en cuenta. El 11 de septiembre, por decreto del gobierno, se formó una Guardia Nacional con los mexicanos de 16 a 50 años de edad, para defender al país y a las instituciones. La Guardia Nacional podía estar en asamblea, en servicio de guarnición y en campaña. En los dos primeros casos estaría bajo las órdenes del gobernador; en el tercero, del Presidente de la República.42
La Guardia Nacional sería fuente importante de conflicto entre puros y moderados porque, al haber sido una idea original de los primeros, la que se organizó en el Distrito Federal cayó bajo el control de los segundos. Además, Salas había nombrado gobernador del Distrito a José Gómez de la Cortina, hombre de ideas no moderadas, sino retrógradas. El nombramiento de Gómez de la Cortina disgustó grandemente a los puros.
A finales de octubre el gabinete original había desaparecido: Gómez Farías había pasado a la presidencia del Consejo, Rejón sería destituido y reemplazado por el moderado José María Lafragua, Pacheco también renunciaría y en Hacienda, en sólo cinco meses, habría ocho titulares del ramo. En la correspondencia de esos meses entre Santa Anna y Gómez Farías se traslucen las tensiones del momento. Gómez Farías estaba desesperado: consideraba a Salas un torpe, inepto y mediocre, que había caído bajo la influencia de los moderados y culpaba a Santa Anna por no apoyar a Rejón, además de que lo urgía a hacerse cargo del Ejecutivo, porque si no todo se iba a pique. Por su lado, Santa Anna apoyaba el gobierno de Salas, se mantenía al margen de las disputas partidistas, se negaba a ir a tomar el gobierno e instaba a Gómez Farías a que buscase la unión entre las facciones.43
Los ánimos se caldearon más en esos meses porque el gobierno pasó un decreto44 que permitía reuniones pacíficas en sitios públicos para discutir sobre la cosa pública e ilustrar al gobierno sobre las instituciones y la manera de enfrentar la guerra con Estados Unidos. La gente llamó a estas reuniones meetings. Era una idea de los puros, inspirada en la historia política americana e inglesa. Las consecuencias de estos meetings, con una sociedad dividida, no se hicieron esperar: los ánimos se exacerbaron y las posiciones políticas se radicalizaron. En alguno de los meetings salió nuevamente el tema de ocupar los bienes de la Iglesia Católica. Los meetings, como una contribución más de los puros a la división del país, fueron exportados a los estados de la república.
Tristemente, cuando las facciones discutían y se exacerbaban los ánimos, la Ciudad de Monterrey cayó en poder del ejército de Zacarías Taylor. Después de tres días de asedio, el 24 de septiembre, el general Pedro Ampudia entregó la plaza al ejército invasor, no obstante que tenía medios para sostenerse por más tiempo. Varios observadores de los hechos culparon a Pedro Ampudia de la capitulación. También fueron causas importantes los cambios en la jefatura del Ejército del Norte y la desorganización del país, que dejó abandonada la ciudad a su suerte.45
La triste noticia de la caída de Monterrey llegó a México a finales de septiembre. La penetración del ejército invasor hasta Monterrey no fue razón suficiente para que los dos partidos en disputa depusieran sus actitudes y llegaran a acuerdos políticos para salvar a la Patria. Por el contrario, las elecciones para el futuro Congreso se efectuaron entre octubre y noviembre y las dos facciones midieron sus fuerzas. El resultado final de las elecciones fue un ligero triunfo para los moderados. Por lo tanto, el Congreso estaría dividido casi por la mitad, entre liberales moderados y puros.
El Congreso comenzaría a reunirse en los primeros días de diciembre de 1846. El primer asunto importante que trató fue la elección de Presidente y vicepresidente interinos. Moderados y puros tuvieron su primer enfrentamiento en el Congreso. Los puros lograron el triunfo en este primer tema y, el 23 de diciembre, el Congreso eligió al general Santa Anna y a Valentín Gómez Farías para Presidente y vicepresidente, respectivamente. Como Santa Anna estaba en San Luis Potosí encargado del Ejército, Gómez Farías tomó el Poder Ejecutivo en sus manos.46
El gobierno provisional del general Mariano Salas terminaba tristemente: había sido incapaz de regularizar la marcha pública, creció la desunión entre los partidos, no tuvo éxito en la guerra -con la caída de una ciudad tan importante como Monterrey- y no había podido dar recursos suficientes al Ejército dirigido por Santa Anna. Entregaba el poder al líder de los puros, mientras el Ejército languidecía en la Ciudad de San Luis Potosí, al finalizar el año funesto de 1846.
