Manuel de la Peña y Peña estaba en la Hacienda de la Canaleja, cerca de Toluca, cuando cayó la Ciudad de México. Puros y moderados se habían desplazado también a Toluca para continuar la guerra partidista. La desgracia de haber sucumbido la capital de la República no había aminorado el fervor partidista. Peña y Peña no quería hacerse cargo del gobierno en circunstancias tan lamentables y ponía como pretexto la necesidad de que los gobiernos de los estados lo reconocieran. La actividad de los moderados, y de Mariano Otero en particular, salvó la situación. Otero escribía a Mariano Riva Palacio, desde Toluca, el 21 de septiembre, lo que deberían hacer los moderados para salvar al país: "(…) Por otra parte Peña y Peña está en la Canaleja sin tomar resolución alguna y pretendiendo que los estados lo reconozcan primero. Ayer le he escrito manifestándole que él es el único que puede establecer una autoridad legítima y que su indecisión nos expone a que comiencen a organizarse gobiernos revolucionarios y tal vez a que D. Antonio vuelva a hacerse del poder que sería lo peor. Aún no recibo respuesta suya y probablemente hoy iré a verlo. A mí me parece que nosotros debemos trabajar para que él entre, por ser el legal, y después rodearlo, ayudarle y procurar que él haga todo lo que se necesita hacer"105.
Otero logró su propósito. Peña y Peña aceptó ponerse a la cabeza del gobierno, en Toluca, el 27 de septiembre. Al mismo tiempo nombró ministro universal a Luis de la Rosa, prominente miembro del Partido Moderado. El 10 de octubre, Peña y Peña salió de Toluca para establecer el gobierno en Querétaro, ciudad a la que arribó el 12 de octubre. El día siguiente publicó un Manifiesto que expresaba las líneas políticas de gobierno: tomaba el gobierno sólo por mandato constitucional; actuaría conforme a las leyes y en beneficio de todas las clases sociales; estaría en un justo medio, entre la insensatez y el orgullo promovido por un partido político, y aceptaba someterse a una paz a cualquier precio; finalmente, pedía a los diputados que se reunieran en Querétaro para nombrar al Presidente de la República.106
Los moderados nuevamente gobernaban la República, pero la situación era muy comprometida. Los puros seguían en la oposición. El gobierno de Peña y Peña tenía que regularizar la marcha del gobierno, reunir al Congreso Constituyente para elegir Presidente, realizar elecciones para el nuevo Congreso que comenzaría a funcionar en enero de 1848 en sustitución del Constituyente, tener algún apoyo de los estados para la gestión y negociar la paz con Estados Unidos de América. Esto último era el punto central por llevar a cabo. Los puros estaban en contra de negociar la paz y querían continuar la guerra. Valentín Gómez Farías viajaba a Querétaro para coordinar los esfuerzos del Partido Puro. Además, era claro que cualquier negociación iba a ser cuestionada no sólo por los puros, ya que inevitablemente tendría que comprender cesión de territorio. La diferencia estaría entre una negociación y una buena negociación.
El gobierno de Peña y Peña fue sorteando poco a poco las dificultades que se le presentaban y adquiriendo la solidez indispensable para negociar con el invasor. Aunque con muchas irregularidades, las elecciones para el Congreso, que debería reunirse en enero, se efectuaron entre septiembre y noviembre de 1847 en aquellos lugares que no estaban ocupados por las tropas invasoras. También el gobierno dio leyes especiales para los casos especiales y para hacer viables las elecciones en los estados ocupados por el Ejército americano.107
Los estados de la República fueron reconociendo explícita o tácitamente al gobierno de Querétaro y sus disposiciones. Así, en el otoño de 1847, los estados de Aguascalientes, Chiapas, Durango, Guanajuato, Jalisco, México, Michoacán, Oaxaca, San Luis Potosí, Sinaloa, Sonora y los territorios de Colima y Tlaxcala realizaron las elecciones siguiendo los criterios del gobierno de Querétaro. También, en estos últimos meses del año de 1847, a pesar de su fuerte actividad, los puros, opuestos al gobierno de Peña y Peña, no lograron coordinar algún levantamiento que desafiara al gobierno nacional.
Peña y Peña, con muchos trabajos, también logró reunir al Congreso Constituyente, a principios de noviembre de 1847. Su principal tarea estaba en elegir Presidente interino, conforme a la Constitución de 1824 y al Acta de Reformas. El Presidente interino cesaría en sus funciones hasta el 8 de enero de 1848, si no estuviera reunido el Congreso, y se procedería de acuerdo con las leyes constitucionales. El 11 de noviembre, el Congreso eligió al general Pedro María Anaya como Presidente interino, por el voto de diez diputaciones contra siete.108 El Congreso Constituyente en Querétaro adoleció del mismo faccionalismo que había tenido en la Ciudad de México. Los diputados puros y moderados disputaron con el mismo acaloramiento de meses atrás y dieron lugar a sonados escándalos. El punto de controversia, ahora, estaba en negociar la paz o continuar la guerra. No se pusieron de acuerdo. Un dictamen de una comisión especial señaló con precisión la triste situación: somos los mismos de antes y de nada ha servido la amarga experiencia de la derrota para unir a los partidos.109 Afortunadamente para el gobierno de Peña y Peña, y para México, el Congreso Constituyente se disolvió en los primeros días de diciembre de 1847.
Pedro María Anaya, también moderado, dio continuidad al gobierno de Peña y Peña. Nombró a este último secretario de Relaciones y mantuvo a Luis de la Rosa como secretario de Justicia y encargado de Hacienda. El gobierno de Querétaro tenía más solidez, pero también tenía que hacer frente al tema más importante: la negociación con Estados Unidos. Para normar criterios, el gobierno nacional invitó a los gobernadores de los estados a reunirse en Querétaro para discutir este asunto. Sólo asistieron los gobernadores de los estados de Puebla, Querétaro, Michoacán, Guanajuato y San Luis Potosí y el vicegobernador de Zacatecas.110
La reunión se celebró entre el 19 y el 23 de noviembre. La posición del gobierno nacional estaba decidida por la paz. Los gobernadores de Guanajuato, Michoacán y San Luis Potosí manifestaron que podían hacerse esfuerzos para continuar la guerra; sin embargo, a la hora de hacer un recuento de los medios de que disponían, encontraron que eran míni-mos, ya que la situación de los estados era deprimente. Guillermo Prieto consigna en las Memorias de mis tiempos, que él estuvo en la junta como secretario y que en una de las sesiones ocurrió algo verdaderamente chusco. El gobernador de Querétaro dijo que podía contribuir con una pieza de artillería. Ante aquel ofrecimiento Melchor Ocampo, gobernador de Michoacán, no se pudo contener y le dijo a Prieto: "Ponga usted, señor secretario, que el estado de Querétaro contribuye para la guerra con la carabina de Ambrosio"111. Con estos ofrecimientos de los estados, el gobierno nacional reafirmó la convicción de negociar con Estados Unidos.
La negociación comenzó con mucha reserva, como el caso lo ameritaba. El enviado americano, Nicolás Trist, tomó la iniciativa de proponer, a finales de octubre, reanudar las negociaciones tenidas en agosto en la casa de Alfaro. El 31 de octubre, De la Rosa contestó favorablemente al ofrecimiento de Trist. A finales de noviembre, el gobierno de Pedro María Anaya nombró comisionados a Bernardo Couto, Luis G. Cuevas y Miguel Atristáin. Sin embargo, al mismo tiempo, el 17 y 18 de noviembre, Trist había recibido despachos del secretario de Estado, en los que le notificaba que sus poderes habían sido revocados. El 24 de noviembre el comisionado americano informaba al gobierno de México lo que había sucedido y que se disponía a regresar a casa. Peña y Peña escribió a los comisionados para que lograran que Trist permaneciera en México y negociara. El argumento de Peña y Peña era muy barroco: el conocimiento de la revocación de poderes llegó después de que México había decidido negociar, luego la negociación tenía vigencia. Lo importante fue que Trist decidió negociar, con el apoyo del general Scott, y esto salvó a la administración queretana de un descalabro y al país de peores condiciones en la cesión de territorio.112 Terminaba el año más negro de nuestra historia. El Partido Moderado había logrado salvar al país de la disolución.
