Yucatán tuvo desde la Independencia una situación especial en sus relaciones con el centro. Yucatán tuvo un estatus colonial independiente de la Nueva España, una posición geopolítica muy específica y redes comerciales que no estaban integradas con el centro de la República. El carácter de excepción vino a complicarse durante el régimen centralista. Entre 1840 y 1843, Yucatán estuvo separado de México. El gobierno central hizo una campaña militar para reconquistar Yucatán y fue derrotado. El conflicto encontró solución en el gobierno de Santa Anna, quien en diciembre de 1843 firmó unos convenios que otorgaban a Yucatán autonomía plena, pero reintegrándose a México con ese carácter excepcional. Una disposición del gobierno nacional de febrero de 1844 echó por tierra las leyes excepcionales de Yucatán y creó una gran desconfianza en los habitantes de la península. El gobierno del general Herrera, organizado bajo una Constitución centralista, revisó los convenios con Yucatán, que eran opuestos a las Bases Orgánicas. A finales de 1845, el Congreso discutía la reprobación de los convenios de diciembre de 1843. Sobrevino la revolución de Paredes y Arrillaga, pero ya los yucatecos estaban convencidos de que México no iba a mantener su carácter excepcional.95
El 1º de enero de 1846, el Ayuntamiento y la Asamblea departamental en Mérida declararon a Yucatán independiente de México. Por lo tanto cesaba la obligación de reconocer al gobierno nacional y Yucatán reasumía sus derechos para ejercerlos del modo que considerara más conveniente.96 La situación de Yucatán en 1846 era muy delicada, porque además del conflicto con México, las élites estaban divididas entre los líderes de Campeche, con Santiago Méndez a la cabeza, y los de Mérida, con el liderazgo de Miguel Barbachano. A esto había que agregar la fuerte presión que las autoridades yucatecas habían producido en la sociedad y en los indígenas en particular, para enfrentar la guerra contra México y las disputas locales. Los indígenas fueron reclutados para los ejércitos y también contribuyeron con mayores impuestos para esta guerra contra México.97
La situación no podía ser más explosiva. "La lucha facciosa lidereada por los caudillos Méndez y Barbachano, que involucraría a los indígenas, inició a partir de este momento una escalada política y militar de asonada tras asonada y pronunciamiento tras pronunciamiento, al punto tal que a comienzos de 1847 la península llegaría a contar con un gobierno en Campeche y otro en Mérida. Así, aunque en 25 de septiembre de 1846 el gobierno provisional de México derogó la ley de 21 de febrero y reconoció los convenios de 1843, y esto fue reconocido por Mérida, el Ayuntamiento de Campeche se negó a aceptar la reincorporación a la nación mexicana (Congreso Extraordinario del Estado, 31 de octubre)."98
La flota americana ocupó la Isla del Carmen en octubre de 1846. Esto perjudicaba el comercio de exportación de Campeche. Los líderes campechanos fueron definiéndose por la neutralidad en la guerra con Estados Unidos, para que no se vieran perjudicados sus intereses comerciales. Para esto necesitaban tener el control político de la península. El 8 de diciembre de 1846, Campeche se pronunció contra el gobierno de Mérida. Los campechanos desataron fuerzas que después no pudieron controlar. Para que triunfara la revolución utilizaron a los indígenas del interior, que cometieron excesos y atrocidades, extendiéndose por todo el estado el terror y la consternación. El 21 de enero de 1847, el movimiento campechano tomaba el gobierno de la península. Había comenzado la guerra de castas en Yucatán.99
La facción de Campeche, después de la ocupación definitiva de la Isla del Carmen por los americanos, en mayo de 1847, y ante la amenaza de que los demás puertos de la península fueran bloqueados, manifestaron neutralidad en la guerra al gobierno americano. Para negociar esta neutralidad enviaron comisionados especiales a Washington. Dos razones impulsaban a Yucatán a mantener la neutralidad: no tenían porqué perjudicarse por la guerra, dadas las injusticias de México, y para ellos era muy importante el comercio en el Golfo de México.100
En 1848 la guerra de castas había cundido por toda la península y parecía que los indígenas podían exterminar a la población blanca y mestiza. En este contexto, el enviado en Washington, Justo Sierra O'Reilly, hizo un ofrecimiento formal para que Yucatán fuera anexado a Estados Unidos. El Presidente Polk pasó al Congreso la iniciativa (Yucatan Bill), pero encontró gran oposición y fue desechada, máxime que simultáneamente el gobierno negociaba la paz con México.101 La desesperación de los yucatecos llegó al grado de que estaban dispuestos a renunciar a la nacionalidad para salvar la existencia. El gobierno de Santiago Méndez se dirigió oficialmente al gobernador de la isla de Cuba, al almirante de Jamaica y a los ministros de España e Inglaterra, residentes en México, ofreciendo la soberanía de la península a España e Inglaterra.102
El gobierno campechano de Santiago Méndez fue incapaz de pacificar la península y fracasó en las gestiones diplomáticas para que Estados Unidos, Inglaterra o España asumieran la soberanía de Yucatán. En abril de 1848, Miguel Barbachano fue restablecido en el gobierno de Yucatán. Lo primero que hizo Barbachano fue informar al gobierno de México, que residía en Querétaro, de la angustiada posición de Yucatán y pedir auxilio económico y militar para contener a los indígenas sublevados.
El gobierno mexicano, en la Ciudad de Querétaro, recibió positivamente el llamado de Yucatán. Por Ley del 14 de julio de 1848 estableció que de los 3 millones de pesos que Estados Unidos entregara como primer pago de la indemnización, 150,000 pesos fueran destinados al gobierno de Yucatán. Asimismo, el gobierno decidió enviar armas y municiones a Yucatán desde el puerto de Veracruz. El secretario de Relaciones escribía a Miguel Barbachano, el 4 de julio de 1848, cuál era la posición del gobierno de México hacia Yucatán: "Inútil fuera Sr. Gobernador que después de haber expuesto a V.E. los deseos de la nación, los sentimientos de los representantes, y la conducta del Gobierno respecto de Yucatán, yo me extendiera con el propósito de convencer la intensidad del interés que excita la suerte de ese Estado y la decisión del Gobierno por salvarlo. Para la actual administración todas las desgracias pasadas no deben recordarse sino como una lección severa que a todos nos indica el deber de reparar tanto infortunio. El Exmo. Sr. Presidente no ve en Yucatán más que una parte y muy interesante de la Unión; ni en sus ciudadanos más que hermanos nuestros entregados a la furia implacable de los salvajes"103.
Yucatán recibió el auxilio de México y en julio-agosto de 1848, las autoridades de la península habían logrado contener el avance de los indígenas y tener una posición favorable. El gobernador, Miguel Barbachano, el 17 de agosto de 1848, decretó la reincorporación del estado de Yucatán a la confederación mexicana, el reconocimiento de los poderes nacionales bajo el régimen federal y la vigencia de la Constitución estatal del 6 de abril de 1825.104 En este caso las circunstancias fueron favorables a México, pero como vimos, México estuvo a punto de perder la soberanía sobre aquel territorio cuando los americanos invadían y ocupaban nuestro país.
