Manuel de la Peña y Peña volvió a encargarse del Poder Ejecutivo provisional el 8 de enero de 1848. Nombró ministro de Relaciones a Luis de la Rosa, quien también se hacía cargo de Hacienda, y a Pedro María Anaya como secretario de Guerra. La continuidad del programa de los moderados estaba asegurada con estas designaciones.113 "Entre enero y junio de 1848 muchos problemas enfrentó el gobierno moderado de Manuel de la Peña y Peña: la negociación del Tratado de Paz, la reunión del Congreso en Querétaro, el movimiento del gobernador de San Luis Potosí desconociendo al de Querétaro, la falta total de recursos, la disolución del Ejército, la presencia inquietante del general Paredes y Arrillaga en México, que presagiaba un levantamiento, las rebeliones indígenas en la Huasteca, la guerra de castas en Yucatán, el creciente faccionalismo que llevaba incluso a plantear, aunque solamente por una pequeñísima parte del Partido Puro, la anexión a Estados Unidos y la oposición de quienes estaban en favor de la guerra."114
Las negociaciones comenzaron el 2 de enero. El gobierno de Estados Unidos consideraba como condiciones indispensables de las mismas, el límite del río Bravo, la adquisición de Nuevo México y la Alta California y una indemnización que no excediera los 20 millones de pesos. Los comisionados mexicanos trabajaron para lograr los mejores términos posibles.
La negociación fue difícil por las pretensiones norteamericanas y porque el gobierno de Estados Unidos ordenó a Trist que regresara a Washington sin dilación. Bajo estas presiones, el 2 de febrero de 1848, en Guadalupe Hidalgo, los comisionados de ambos países firmaban el Tratado de Paz.
La frontera quedó definida, siguiendo el criterio de elementos naturales para dividir a las dos naciones, donde fuera posible. Los comisionados mexicanos lograron que la Baja California permaneciera unida a Sonora, pero el puerto de San Diego quedó del lado americano. Los derechos de los habitantes de la Alta California y Nuevo México quedaron protegidos. El gobierno de Estados Unidos se comprometió a respetarlos y los habitantes de esos territorios quedaron en libertad de escoger su nacionalidad. El gobierno americano también se obligó a no dejar pasar a México a las tribus belicosas. Estados Unidos daba una indemnización de 15 millones de pesos y todas las reclamaciones de súbditos americanos ante el gobierno mexicano quedaban canceladas. Varios artículos definían cómo la tropa invasora iba a entregar las plazas, el armamento, las aduanas y cómo iba a efectuarse la evacuación del Ejército americano. El último artículo daba un plazo de cuatro meses para el canje de ratificaciones. En un artículo secreto adicional se ampliaba el tiempo para el canje.115
Los comisionados dieron una exposición al gobierno y a la opinión pública sobre el Tratado. Sus ideas son dignas de anotarse: la pérdida era forzosa e inevitable, la que habían tenido las armas en la guerra; el Tratado era una gran desgracia, pero impedía que creciera la pérdida con la ocupación de gran parte del territorio nacional, por lo que era más un tratado de recuperación que de cesión; las pérdidas no habían crecido, a pesar de haber sucumbido la capital, pues aquí se concedía lo mismo que los americanos pedían en la casa de Alfaro, en agosto de 1847, cuando el resultado de la guerra era incierto.116
El Tratado llegó a Washington a finales del mes de febrero. Polk presentó el Tratado al Senado, con la recomendación de que se reprobara el artículo 10 sobre concesiones de tierras hechas por el gobierno mexicano. También tuvo que explicar la situación anómala del comisionado Trist. El Senado aprobó el Tratado con algunas modificaciones que no afectaron la esencia del mismo, por treinta y ocho votos contra catorce, el 10 de marzo de 1848. Fueron designados para el canje de ratificaciones el procurador general Nathan Clifford y el senador Ambrose H. Sevier.117
Desde principios de 1848, la inquietud en los estados era grande, sobre todo por los partidarios de la guerra. El gobernador de San Luis Potosí, Ramón Adame, quien había asistido a la junta de gobernadores de Querétaro, era partidario de continuar la guerra. Desde que regresó Adame a San Luis Potosí comenzó a preparar un levantamiento contra el gobierno nacional. El 12 de enero, el vicegobernador, Mariano Ávila, pasó una iniciativa a la Legislatura pidiendo desconocer a Peña y Peña y que San Luis Potosí reasumiera su soberanía. Ávila era el instrumento de Adame para comenzar la revolución. La Legislatura rechazó la iniciativa del vicegobernador y pidió al comandante general que tomara cartas en el asunto. El comandante general mantuvo fidelidad al gobierno nacional y tomó prisionero a Adame el 19 de enero. El gobernador y el vicegobernador dimitieron de sus cargos. La revolución quedó frustrada. Adame fue liberado y huyó al estado de Zacatecas, cuyas autoridades eran favorables al partido en pro de la guerra. La revolución fue frustrada, pero el mal estaba hecho. En los estados creció el descontento por las negociaciones que se estaban realizando con los americanos.118
Cuando la opinión pública conoció el Tratado de Paz, la oposición creció y las críticas al gobierno fueron más violentas. Se culpaba al gobierno de Peña y Peña de pasividad y apatía. En marzo, Miguel Atristáin escribía a Mariano Riva Palacio: "Pero me parece que caminamos al ocaso, y si esto es muy peligroso en un terreno llano, mucho más lo será cuando el Gobierno se encuentre rodeado de tantos embarazos"119.
El 29 de febrero el gobierno de México firmó un armisticio con el Ejército de ocupación americano. El armisticio disponía la suspensión de hostilidades en todo el territorio de la República; la conservación rigurosa de líneas; la libertad de las poblaciones para ejercer sus derechos políticos, restableciendo autoridades y llevando a cabo elecciones; la devolución de inmuebles, y la organización de fuerzas mexicanas de policía. El armisticio era consecuencia lógica de la firma del Tratado de Guadalupe Hidalgo y daba mayor estabilidad y fuerza al gobierno de Querétaro.120 Los federalistas puros reaccionaron igualmente en contra del Tratado y del armisticio. Gómez Farías escribía a Manuel González Cosío al respecto: "Ya sabrá U. que el llamado armisticio que se trata de celebrar tiene dos principales objetos: el primero alhagar al comercio facilitándole la internación libre de todos los efectos que en más de un año se han introducido de contrabando, o pagando los derechos a nuestros enemigos; y el segundo, paralizar los esfuerzos de los Estados para armarse diciéndoles que ponerse en una actitud amenazante sería oponerse a los beneficios de la paz"121. Para los liberales puros el armisticio constituía un gran obstáculo para llevar adelante sus planes de continuar la guerra.
Un problema central para el éxito del gobierno estaba en la reunión del Congreso. De acuerdo con la Constitución, sólo el Congreso podía ratificar los convenios internacionales. Era vital, por lo tanto, la reunión del Congreso. A pesar de tantas dificultades, las elecciones pudieron efectuarse, aun en los lugares ocupados por las tropas americanas, después de celebrado el armisticio. El Congreso sería, esta vez, un Congreso constitucional dividido en dos Cámaras. Los moderados tomaron la iniciativa en el proceso electoral y vencieron a los puros en las elecciones. El nuevo Congreso estaría dominado por los moderados y en favor de la paz.122
El Congreso debería comenzar a sesionar el 1º de enero, pero hasta el 7 de mayo pudo reunirse en la Ciudad de Querétaro. La Cámara de Diputados eligió presidente a Francisco Elorriaga y la de Senadores a Manuel Gómez Pedraza. El día 14, el Congreso eligió Presidente interino a Manuel de la Peña y Peña. Los moderados tenían el control del proceso para aprobar el Tratado: mayoría en las dos Cámaras, moderados en la presidencia de ambas Cámaras y confirmación de Peña y Peña en la Presidencia de la República. El 19 de mayo la Cámara de Diputados aprobó el Tratado, con las modificaciones hechas por el Senado americano, por cincuenta y uno contra treinta y cinco votos. El 21 de mayo el Senado aprobó el Tratado por treinta y tres contra cuatro votos. El día 30 de mayo el gobierno de México y los comisionados americanos canjearon las ratificaciones del Tratado en Querétaro. Ese mismo día la Cámara de Diputados calificó las actas de elección de Presidente de la República. Como ninguno de los candidatos tuvo mayoría absoluta, la Cámara procedió a la elección que recayó en el general José Joaquín de Herrera. El general Herrera estuvo renuente a aceptar la Presidencia, pero finalmente accedió y juró el día 3 de junio de 1848.123
Los puros hicieron un esfuerzo final por invalidar el Tratado. Once diputados puros hicieron una petición a la Suprema Corte de Justicia, alegando que el Congreso había violado la Constitución de 1824 y el Acta de Reformas en los procedimientos para aprobar el Tratado. Argumentaban que los estados deberían aprobar el Tratado. La Suprema Corte de Justicia denegó el recurso en julio de 1848.124
La administración de Querétaro en estos meses tuvo que hacer frente a un peligro más que se cernía sobre el país: la guerra de castas. Ésta comenzó con fuerza en varios puntos del país: Yucatán, la Sierra Gorda y la costa sur del estado de México, principalmente. Los indígenas habían resentido mayores presiones de parte de los gobiernos locales y nacional para contribuir al esfuerzo de la guerra contra Estados Unidos. También, el Ejército había dejado espacios vacíos de poder con la movilización a que se viera impuesto. Estas razones, más los tradicionales problemas de la tierra, dieron lugar a estos brotes de rebelión indígena, precisamente cuando México enfrentaba la crisis más seria de su historia.
Al canjearse las ratificaciones del Tratado en Querétaro terminaba el ciclo de la guerra. Mucho era lo que se había perdido, pero México había salvado su nacionalidad. Con sobrada razón los comisionados que firmaron el Tratado decían en la exposición al gobierno: "Nosotros sufriremos un menoscabo de territorio; pero en el que conservamos, -nuestra independencia es plena y absoluta, sin empeño ni liga de ningún -género. Tan sueltos y libres quedamos, aceptando el Tratado, para ver por nuestros propios intereses, y para tener una política exclusivamente mexicana, como lo estábamos en el momento de hacerse la independencia."125
