Tabasco, como la mayoría de los estados de la República, había vivido convulsionado entre 1821 y 1846. Además de los problemas nacionales, repercutían en el estado los fuertes problemas que a partir de 1840 había tenido Yucatán con el gobierno del centro. El pronunciamiento de la Ciudadela tuvo también eco en Tabasco. El 12 de agosto, el Ayuntamiento de San Juan Bautista (Villahermosa) y la Comandancia General del estado se pronunciaron contra el régimen de Mariano Paredes. El Acta de la guarnición copiaba literalmente el Plan de la Ciudadela.85 El Acta del Ayuntamiento desconocía al gobernador José Víctor Jiménez, quien se oponía al pronunciamiento, y encargaba el gobierno político al comandante general Juan Bautista Traconis, hombre que tenía fuerte arraigo en el estado, aunque era originario de Yucatán.86
El gobierno del centro, por influencia de Manuel Crescencio Rejón, nombró gobernador de Tabasco a Justo Santa Anna. El único mérito de Justo Santa Anna era ser amigo de Rejón. El gobierno puro de México no exploraba las condiciones de los estados, sino que removía a los gobernadores para colocar a incondicionales en el control de los estados. En este caso, el faccionalismo de los puros era doblemente miope, porque pretendían hacer a un lado al líder de la revolución liberal en Tabasco. Desde Macuspana, el 9 de octubre de 1846, Justo Santa Anna escribió a Traconis para informarle que había sido nombrado gobernador del estado y para que le diera posesión de su destino.87
Traconis contestó a Justo Santa Anna en términos inequívocos: no había recibido notificación del gobierno nacional y aunque la hubiera recibido no podía entregarle el gobierno, porque estando vigente la Constitución de 1824 y el sistema federal, el centro no podía nombrar al gobernador sin violentar las leyes; Traconis decía que él ejercía el cargo de gobernador por mandato popular, surgido de la revolución de la capital del estado. Concluía Traconis: "En tal concepto, hago presente a U., para evitar otras contestaciones, que no me es posible entregarle el mando político como desea, aun cuando reciba órdenes en este respecto del General en Jefe Don Mariano Salas, y que sólo lo haré al que legalmente resulte nombrado según la Constitución particular de 1831, la cual estoy resuelto a sostener"88.
Justo Santa Anna permaneció en Macuspana y fue incapaz de hacer algo para tomar el poder. Por la dificultad de las comunicaciones, el gobierno siguió escribiendo a Santa Anna, recomendándole asuntos, como si fuera el gobernador. En octubre, Traconis tuvo ocasión de mostrar sus capacidades. La flota americana había tomado la población de Frontera. Desde ahí enviaron dos pequeños buques para que remontaran el Grijalva y tomaran la Ciudad de San Juan Bautista. Con gran actividad Traconis organizó la defensa de la ciudad. El 25 y 26 de octubre, Traconis, con el Batallón de Acayucan, resistió el bombardeo y asaltó la ciudad. Tres veces fueron rechazados los americanos. Viendo sus intentos frustrados, la escuadrilla enemiga se retiró a Veracruz y dejó dos buques en Frontera para interrumpir el comercio de Tabasco.89
El éxito de Traconis para detener a los invasores y su patriotismo hubieran sido cartas más que suficientes para que el gobierno nacional apoyara al vicegobernador, le proporcionara unos recursos mínimos que pedía el 27 de octubre y neutralizara la oposición que surgiera en su contra. Pero en México, como hemos visto anteriormente, a finales de 1846, todo andaba desconcertado y los políticos se fijaban más en sus intereses partidistas que en las necesidades de la Nación.
El gobierno central desaprobó las medidas que Traconis había tomado de exigir contribuciones extraordinarias y forzosas para defender la capital del estado. Además, las aduanas habían quedado sin ingresos por el bloqueo de los americanos. El gobierno nacional no enviaba ayuda a Tabasco y desconocía las medidas tomadas por Traconis para salvar a San Juan Bautista e insistía en que Justo Santa Anna se hiciera cargo del gobierno. En consecuencia, el gobernador y comandante general del estado, en unión de la guarnición, se pronunció contra el gobierno nacional el 19 de noviembre de 1846. No era este un pronunciamiento cualquiera: desconocía el gobierno de la República, mientras éste no tratara de conservar la integridad del territorio, y el estado reasumía su soberanía y proveería por su defensa, arreglando la administración interior bajo bases liberales y nombrando como su caudillo a Juan Bautista Traconis.90
Los tabasqueños se separaban de México porque el centro había sido incapaz de proporcionarles medios para defenderse de la invasión. La separación de México duró hasta el 28 de diciembre de 1846.
Sin embargo, los enemigos de Traconis eran muchos. Éstos crecieron cuando el caudillo tomó dos medidas, mal recibidas entre las clases privilegiadas: la reflejada en el decreto del 30 de noviembre de 1846, por el que todos los individuos residentes en el estado contribuirían mensualmente para los gastos de la defensa con una cantidad proporcional a sus ingresos, además de que serían empadronados y clasificados por el gobierno; y la del 21 de diciembre del mismo año, que decretaba la venta de todas las tierras usurpadas por los particulares, que los dueños de haciendas y ranchos necesitaban presentar los títulos de su propiedad y que la propiedad sería remedida.91
La oposición dentro del estado creció y el gobierno central quería también hacerlo a un lado. El Ministerio de Guerra ordenó al gobernador y comandante general de Chiapas, Gerónimo Cardona, que se movilizara a Tabasco con tropas suficientes para derrocar al caudillo de los tabasqueños. Curiosamente, ahora sí tenía el gobierno nacional forma de movilizar medios militares, no para pelear contra los americanos sino para aplastar compatriotas. El caudillo de Tabasco, ante la proximidad de las fuerzas de Chiapas, la oposición del centro y la inquietud interna, no tuvo otra salida que bajar los brazos. El 28 de diciembre, Juan Bautista Traconis se pronunció nuevamente, ahora para que Tabasco se volviera a incorporar a la Unión, según las leyes generales de la Nación y la Constitución particular del estado de 1831. También, el caudillo disponía que los acuerdos tomados durante la autonomía de Tabasco quedaran sin ningún efecto. Al mismo tiempo escribía a Justo Santa Anna para entregarle el gobierno del estado.92
Traconis no sólo entregó el gobierno del estado sino también el de la Comandancia General y el de la jefatura del Batallón de Acayucan. Su decepción ha de haber sido grande porque salió del estado sin oponer resistencia.93 Los detractores del caudillo arremetieron contra él: "Este hombre nos hizo recordar la historia de los antiguos tiranos del Asia oprimida y cual un Bajá turco y sus bismanes todo lo atropelló y por poco enluta nuestro desgraciado país"94. Nadie recordaba ya las gloriosas jornadas de octubre, salvando a la capital de Tabasco de la invasión americana, máxime que muy pocas de nuestras acciones militares en esta guerra fueron exitosas. Quizás el principal error de Traconis fue el no haber pertenecido a la facción de Rejón y Gómez Farías.