Por el movimiento de la Ciudadela, en Oaxaca, los liberales llegaron al poder, con ayuda de la guarnición de la capital del estado. Una junta de notables, nombrada por el coronel Juan Díaz, jefe de la revolución, formó un nuevo gobierno, encargando el Poder Ejecutivo a un triunvirato formado por Luis Fernández del Campo, José Arteaga y Benito Juárez.75 Los triunviros duraron un mes en el ejercicio del Poder Ejecutivo. El gobierno del general Salas ordenó que se disolviera el triunvirato, porque era contrario a la Constitución de 1824 y a la del estado de Oaxaca. A su vez ordenó que José Arteaga, amigo personal de Gómez Farías, quedara como gobernador del estado.76 Benito Juárez fue nombrado regente de la Corte de Justicia y posteriormente diputado al Congreso Constituyente nacional. Juárez viajó a la Ciudad de México en diciembre de 1846 y estaría en la capital hasta julio de 1847. Pertenecía al Partido Puro y era el alma de la diputación oaxaqueña en el Congreso Constituyente. Por lo tanto participó ampliamente en la lucha faccional, como miembro del partido exaltado.77
El gobierno liberal de José Arteaga, en Oaxaca, se mantuvo sin problemas hasta el mes de febrero. Cuando el Congreso Constituyente decretó la ocupación de los bienes de la Iglesia, el gobierno y la legislatura de Oaxaca secundaron la medida del gobierno nacional.78 Esta calma en Oaxaca era aparente. Las fuerzas antiliberales del estado preparaban un pronunciamiento para evitar que los liberales ocuparan los bienes de manos muertas. Antes del pronunciamiento de los polkos en la capital, el 15 de febrero, en Oaxaca, miembros de la guarnición, la Guardia Nacional y el vecindario, dirigidos por el general José María Malo, proclamaron un Plan por el que desconocían a las autoridades, menos al vicegobernador José Joaquín de Guergué. El Plan también desconocía a la diputación oaxaqueña en el Congreso General, pedía la derogación de la Ley del 11 de enero, prohibía cualquier ocupación de los bienes del clero y nombraba al comandante Juan Díaz jefe de la revolución.79
La revolución triunfó en la capital del estado de Oaxaca. El comandante general, Juan Díaz, negoció con los pronunciados para salvar su puesto, y sacrificó al gobernador Arteaga. José Joaquín de Guergué organizó el gobierno: convocó a elecciones para formar un nuevo Congreso local, reconoció siempre al gobierno de México e hizo un esfuerzo muy notable para enviar recursos a México para la guerra contra Estados Unidos. El gobierno nacional pidió al de Oaxaca que repusiera a las autoridades liberales, pero al mismo tiempo consultaba con el general Antonio León, antiguo insurgente y "patriarca" del estado, su opinión sobre el nuevo gobierno. Antonio León contestó que la revolución era un hecho consumado, que tenía apoyo en la sociedad y que volver a cambiar a las autoridades traería muchos problemas. El gobierno nacional se sintió complacido con la respuesta del general León, pues no tenía la intención de remover a los polkos oaxaqueños porque Oaxaca, con este gobierno, era el estado que más contribuía con recursos materiales y humanos para la guerra.80
La diputación oaxaqueña conoció la revolución en abril de ese año. Benito Juárez y sus paisanos dedicaron todos sus esfuerzos a sacar adelante en el Congreso un decreto que desconociera el gobierno de los polkos oaxaqueños. "La tarea de Juárez no era fácil por varias razones: el Congreso no había decretado la ilegalidad de la revolución de los polkos del centro, sino al contrario, de alguna forma la había aceptado como un hecho; los polkos oaxaqueños obedecían a las autoridades nacionales y respetaban el sistema de gobierno; el Congreso había derogado las leyes del 11 de enero y 4 de febrero, que era lo que pedía la revolución del 15 de febrero en Oaxaca; el gobierno no contaba con fuerzas disponibles para sujetar a los pronunciados; y, finalmente, el gobierno recibía una gran ayuda del gobierno espurio de Oaxaca."81
La tenacidad de Juárez fue admirable. Contra viento y marea, pactando con los moderados y contra toda posibilidad, logró que el Congreso decretara la ilegalidad de los polkos oaxaqueños, el 10 de mayo de 1847.82 Los oaxaqueños liberales querían contar con un recurso de legalidad, para el caso de que pudieran sacar del poder a los polkos oaxaqueños. También, al negociar con los moderados, si éstos permanecían en el poder, los radicales de Oaxaca podían regresar al control del gobierno de su estado fundándose en el decreto. Lo que sí nos admira grandemente es cómo la diputación oaxaqueña en México no titubeó en su propósito, a pesar de que los polkos oaxaqueños contribuían a la causa nacional, que sin duda debería ser considerada prioritaria ante los intereses faccionales o regionales.
El vicegobernador Joaquín de Guergué renunció al cargo el 27 de mayo. La Legislatura del estado nombró a los generales Antonio León y Francisco Ortiz de Zárate, gobernador y vicegobernador respectivamente. El general León, con un ejército formado en Oaxaca, se uniría al Ejército de Oriente, y escribiría páginas gloriosas en la Batalla del Molino del Rey. El vicegobernador, Ortiz de Zárate, tomó el Poder Ejecutivo del estado. El gobierno de Oaxaca recibió el decreto del gobierno nacional que lo consideraba ilegal y reaccionó diciendo que ese decreto no tenía ningún efecto en el estado, puesto que las autoridades oaxaqueñas habían dado muestras sobradas de obediencia al gobierno nacional y de patriotismo frente a la invasión de los americanos.83
El gobierno nacional no podía hacer algo para cambiar a las autoridades de Oaxaca, cuando tenía al invasor a las puertas de la Ciudad de México. En julio, Benito Juárez y otros diputados oaxaqueños regresarían a su patria chica, convencidos de que nada útil podían hacer en la Ciudad de México. Los liberales trabajaron para derrocar a las autoridades de Oaxaca y el 23 de noviembre consiguieron su objetivo. La Legislatura nombró gobernador a Benito Juárez. El gobierno de Juárez reconoció al gobierno moderado de Peña y Peña. Los moderados controlarían el gobierno nacional, y Juárez, liberal puro, amparado en el decreto del 10 de mayo, por el que tanto había peleado, alcanzó plena legalidad y jamás fue cuestionado por los moderados reunidos en Querétaro.84
