El gobierno de los moderados duró poco tiempo. Santa Anna apareció en Ayotla el 17 de mayo. Desde ahí anunció que tenía intenciones de entrar en la Ciudad de México. Esta idea causó gran alarma en la ciudad y el gobierno resolvió enviar a Baranda, Trigueros y Ramírez a conferenciar con el general Santa Anna. La entrevista entre los enviados y el general dio como resultado que Santa Anna estuviera dispuesto a dimitir de su mando político y a dedicarse a lo militar. El general Santa Anna cambió de opinión después de una entrevista con el general José María Tornel, quien lo convenció de la necesidad de tomar el gobierno político y de organizar la defensa de la Ciudad de México. En un golpe de audacia, característico de Santa Anna, entró intempestivamente en la ciudad y se hizo cargo del gobierno. Juró el Acta de Reformas y, en junta de militares, el 20 de mayo, decidió resistir a los americanos en el Valle de México.69
Santa Anna, esta vez, haría a un lado a los puros y a los moderados y gobernaría con reconocidos santanistas: José Ramón Pacheco, Vicente Romero, Ignacio Gutiérrez, Lino Alcorta, Francisco Lombardo y José María Tornel, entre otros.70 Sin embargo, no se crea que esto daría fin a las confrontaciones: puros y moderados seguirían disputándose el control del Congreso y el Poder Ejecutivo entraría en conflicto con el Legislativo, por la vigencia de la Ley del 20 de abril de 1847, que impedía al Poder Ejecutivo entrar en negociaciones de paz. Para esto, la Ciudad de Puebla había sido ocupada en mayo por el ejército invasor, sin oponer resistencia. El general Scott y sus huestes estaban ya a pocos kilómetros de la Ciudad de México.
Entre junio y septiembre de 1847, la lucha faccional no bajaría de tono. Los moderados habían abandonado el Congreso y los puros trataban de reunirlo. El gobierno quería reunir también al Congreso, porque deseaba oír proposiciones para la paz con los americanos. Mariano Otero escribía a Mariano Riva Palacio, a finales de junio: "(…) lo que yo no entiendo es cómo el gobierno trabaja por la reunión del Congreso, pues veo ahí una gran mayoría irritada y si hubiera sesiones no nos escaparíamos de grandes tempestades, que justas en su origen no por eso dejarían de ser escandalosas y estériles"71.
A mediados de julio el gobierno intentó que el Congreso, o lo que quedaba de él, extendiera un dictamen sobre la posibilidad de oír proposiciones de paz, ya que con el ejército del general Scott venía un enviado ad hoc del gobierno americano, Nicolás Trist, que tenía plenas facultades para negociar con México. El asunto, en lugar de tratarse de común acuerdo entre los dos Poderes, dio lugar a agrias contestaciones y recriminaciones. El Congreso decía al gobierno que actuara conforme a las leyes, pero no aclaraba si la Ley del 20 de abril estaba vigente o no. El gobierno decía al Congreso que como era un Congreso Constituyente y la Constitución estaba dada, ya no tenía razón de existir. Todo el asunto murió en un combate de palabras y el gobierno no tuvo la capacidad de sobreponerse a la Ley del 20 de abril, porque era un gobierno sin prestigio ni consenso. El general Santa Anna había dilapidado en Cerro Gordo el poco prestigio que le quedaba.72
En los primeros días de agosto, el ejército de Scott comenzó a salir de Puebla. La capital había sido fortificada y un nuevo ejército se había levantado de los despojos de los anteriores. Había optimismo en la sociedad y en el gobierno sobre poder detener a los americanos. El día 9 de agosto, a las dos de la tarde, se anunció la llegada de los americanos al Valle de México. El 19, el general Gabriel Valencia fue derrotado en Padierna; parte de la derrota fue atribuida a las desavenencias entre Santa Anna y Valencia. El 20, se peleó con valentía en Churubusco. Los americanos prácticamente ya estaban sobre la ciudad. En otro de sus típicos golpes de audacia, Santa Anna, los días 23 y 24 firma un armisticio, para oír proposiciones de paz del gobierno americano. En la casa de Alfaro tienen lugar las primeras negociaciones de paz, que los comisionados mexicanos no aceptan por las duras condiciones que se le imponían a México. El 6 de septiembre terminaba el armisticio. El 8 de septiembre el Ejército Mexicano perdió la Batalla del Molino del Rey. El 13, los americanos tomaron Chapultepec. El 14 de septiembre se inicia la ocupación de la Ciudad de México, izándose la bandera de las barras y las estrellas en el Palacio Nacional.
Santa Anna se movió con el Ejército a Guadalupe. El pueblo se vio abandonado por el Ejército y batió al enemigo por todas partes. "Día 14, cosa de las siete el enemigo comenzó a ocupar la ciudad entiendo por la calle de Tacuba. Entonces el pueblo lo batía por todas direcciones y se asegura que el enemigo tuvo permiso para saquear. La confusión de México en este día no puede explicarse: vencidos y vencedores se tiroteaban en todas las calles, en todas caían muertos y en todas se robaba sin freno ni temor a nadie. Sólo se oían tiros de fusil y cañón, lamentos de los heridos y de las familias saqueadas y estropeadas, que no pudiendo huir por las calles, saltaban por las azoteas de las casas y se pedían socorro que nadie podía impartirles. ¡Horrible día para México!"73.
La resistencia del pueblo duró hasta el 16, en que se agotó el parque; el Ejército Mexicano permaneció en Guadalupe sin intervenir. Su participación hubiera sido decisiva para dar un descalabro al Ejército americano. Una vez más, los dirigentes no estuvieron a la altura del pueblo. El día 16, en Guadalupe, el general Santa Anna renunció a la Presidencia, dispuso que Manuel de la Peña y Peña se encargara del Poder Ejecutivo con dos asociados, Herrera y Alcorta, y dividió al Ejército en dos partes.74
La anarquía y el desconcierto no eran privativos de los asuntos en el nivel nacional. Éstos existían en los estados, en donde a pequeña escala los movimientos del centro tenían una repercusión local, aunados a los tradicionales problemas de las élites locales.
Antes de pasar al gobierno de Querétaro, en la hilación de los hechos, quisiera mostrar, a manera de ejemplo, lo sucedido en los estados de Oaxaca, Tabasco y Yucatán, durante la guerra. Esto facilitará valorar la situación deplorable del país, no sólo nacional sino también local, lo cual nos permitirá aventurar la tesis de que lo verdaderamente milagroso fue que el país no se desintegrara o desapareciera en el otoño de 1847.
