Santa Anna no tenía intenciones de gobernar. Su preocupación era la guerra y permanecería en México los días indispensables para regularizar la marcha del gobierno y estar libre para enfrentar a los americanos. El 27 de marzo pidió facultades extraordinarias para que el gobierno, con el menor gravamen posible, se procurara hasta 20 millones de pesos. El Congreso accedió y el gobierno publicó la Ley el 28, y en virtud de las facultades extraordinarias derogó las leyes del 11 de enero y 4 de febrero.62
El problema más serio era quién gobernaría si Santa Anna salía a dirigir el Ejército nuevamente. Por otra parte, Gómez Farías se rehusaba a renunciar a la vicepresidencia. Otra vez las facciones chocaron y los moderados volvieron a ganar la batalla. El Congreso suprimió la vicepresidencia y nombró Presidente sustituto al general Pedro María Anaya, del grupo moderado, el 2 de abril de 1847, después de un fuerte debate entre las facciones. José Fernando Ramírez escribió, después de ver la acalorada lucha de las facciones, que "presenciaba la agonía de la patria dando las últimas bocanadas"63.
Los moderados lograron dar un poco más de estabilidad al gobierno; sin embargo, como para los anteriores gobiernos, su permanencia dependía del éxito que se tuviera en la guerra. El general Santa Anna salió con un nuevo ejército para detener el avance del general Scott. Los dos ejércitos se encontraron en Cerro Gordo, Veracruz, el 18 de abril. Santa Anna sufrió una derrota total. Las noticias llegaron a la capital el día 20. El miedo se apoderó de moderados y puros, porque no se sabía si el general Santa Anna había muerto o si había caído en manos de los americanos.64
En este contexto, por primera y única vez, moderados y puros estuvieron de acuerdo. Aprobaron un decreto, de graves consecuencias para el futuro de la guerra. Por el primer artículo facultaban al gobierno para llevar adelante la guerra; el artículo 2 impedía al gobierno que hiciera la paz o entrara en negociaciones con potencias extranjeras; el artículo 4 declaraba nulo cualquier trato entre un gobierno que subvertiera el actual orden de cosas y Estados Unidos; el 5 declaraba traidor a cualquier individuo que en lo particular o con carácter público entrara en arreglos de paz con Estados Unidos; el 6 disponía que si el Congreso no podía continuar las sesiones, se instalara una comisión permanente con el más antiguo de cada diputación.65
La Ley era una aberración política y jurídica. Le daba al Ejecutivo poderes extraordinarios para no hacer nada. Además, la Ley iba en contra de la Constitución, pues era facultad exclusiva del Ejecutivo realizar convenios con las potencias extranjeras. En el fondo, parece ser que ambas facciones temían que el orden público fuera alterado por los centralistas o por los monarquistas, y también temían que el general Santa Anna pudiera entrar en negociaciones con Estados Unidos, a espaldas del Congreso. Sea lo que fuere, el decreto tuvo graves consecuencias para el futuro, porque el gobierno quedó inhabilitado para entrar en negociaciones de paz con los americanos.
El único éxito palpable del gobierno moderado fue el de discutir y sancionar las reformas a la Constitución de 1824. Entre el 20 de abril y el 18 de mayo, el Congreso recordó que era un Congreso Constituyente y que su razón de ser estaba en dotar a la Nación de una nueva Constitución. Sin embargo, graves asuntos habían impedido al Congreso dedicar tiempo a su redacción.
La idea original de formar esta nueva Constitución, como lo prevenía el Plan de la Ciudadela, fue poco a poco abandonada. Como la Constitución de 1824 había sido declarada vigente, prevalecía la idea de que fuese reformada, pero más adelante. El dictamen de la mayoría de la Comisión de Constitución, del 5 de abril, iba en este sentido y lo suscribían Rejón, Cardoso y Zubieta. Mariano Otero, uno de los líderes del Partido Moderado, presentó un voto particular en donde exponía la necesidad de constituirse para enfrentar la guerra, darle plena vigencia a la Constitución de 1824, pero hacer las reformas necesarias que la experiencia exigía. Las reformas que sugería Mariano Otero fueron agrupadas en su voto particular con el nombre de Acta de Reformas. Ésta se reducía a veintiún artículos que comprendían: explicitar los derechos del ciudadano y las garantías individuales, erigir el estado de Guerrero, elegir un diputado al Congreso por cada 50,000 habitantes, ampliar el Senado con senadores elegidos por la Suprema Corte de Justicia y la Cámara de Diputados y renovarlo cada dos años por terceras partes, suprimir la vicepresidencia de la República, arreglar las elecciones y un poder electoral, con la posibilidad de las elecciones directas, amparar a los ciudadanos contra todo ataque del Ejecutivo o del Legislativo, reformar la Constitución en cualquier tiempo, bajo ciertas condiciones. Otero introducía otra idea interesante: dejar en la Constitución los principios generales, que deben permanecer por mucho tiempo, y crear leyes constitucionales más específicas, que pudieran cambiar con mayor frecuencia. Con esto, la Constitución no estaría cambiando continuamente.66
Mariano Otero fue muy criticado por empeñarse en sacar adelante el Acta de Reformas. Incluso sus propios amigos del Partido Moderado no veían ningún caso a este proyecto. En cierta medida tenían razón, porque el Acta de Reformas se discutió en los momentos de mayor inseguridad, provocada por la derrota en Cerro Gordo y por la ambigüedad de Santa Anna sobre la toma del poder y la continuación de la guerra.
El Congreso estaba por disolverse y los puros querían regresar a casa después de la debacle de Cerro Gordo, y no les interesaba el Acta de Reformas de Mariano Otero. José Fernando Ramírez dice en su historia que sólo fue posible la permanencia del Congreso y la discusión del Acta, porque Otero hizo un pacto con la diputación oaxaqueña, que era numerosa y de filiación pura. Según esto, la diputación oaxaqueña acordó permanecer en el Congreso si Otero lograba que éste reprobara un movimiento revolucionario que se había dado en Oaxaca contra los liberales.67
Sólo Ramírez habla de este convenio; sin embargo, los hechos lo avalan: los diputados oaxaqueños permanecieron en el Congreso y votaron el Acta de Reformas y el Congreso aprobó un decreto desconociendo a las autoridades subversivas de Oaxaca.68
Pese a todos los obstáculos, Mariano Otero trabajó de día y de noche y pudo ver su obra concluida. El 18 de mayo, el Congreso aprobó el Acta de Reformas, con treinta artículos definitivos. El tiempo le daría la razón a Mariano Otero. Gracias a su obra, cuando el Ejército Mexicano sucumbió en la campaña del Valle de México, no desapareció el gobierno y pudo reunirse uno, al menos con visos de legalidad. También, de no existir sancionada la Constitución de 1824 y el Acta de Reformas, el debate sobre quién debería ejercer el Poder Ejecutivo, con tantas disposiciones que se habían dado desde el 4 de agosto de 1846, hubiera hecho muy incierta la formación del gobierno de Querétaro y la existencia misma del país.