Al comenzar 1847, el Ejército norteamericano ya había ocupado Nuevo México y la Alta California, con tropas al mando del general Kearny. El general Wool amenazaba a Chihuahua. El general Zacarías Taylor ocupaba Monterrey. Además, las flotas norteamericanas en el Golfo y en el Pacífico bloqueaban los puertos más importantes del país.
La situación de México era desesperada. El general Santa Anna concentraba un gran ejército, en la Ciudad de San Luis Potosí, teniendo como núcleo los restos del Ejército del Norte que había peleado en Palo Alto, Resaca de la Palma y Monterrey. A estas alturas ya era difícil pensar en poder derrotar a los americanos, pero el general Santa Anna creía factible ganar una gran batalla y, entonces, poder negociar la paz con mejores términos para México. Todo dependía de que el Ejército libertador contara con los medios adecuados para dar esa gran batalla.
La principal obligación del gobierno de Gómez Farías y del Congreso Constituyente era proporcionar recursos al Ejército. La elección del vicepresidente causó inquietud en la sociedad, pues se temía que volvieran a ocurrir los excesos de 1833. Por su parte, el líder de los puros creyó que había llegado el momento oportuno de ocupar los bienes de la Iglesia, como un remedio radical a las penurias del Ejército y del gobierno.
Las necesidades del Ejército estacionado en San Luis Potosí eran muy grandes, y el gobierno en diciembre sólo había cubierto una pequeña parte del presupuesto. La correspondencia entre el general jalapeño y el líder de los puros muestra claramente las tensiones de esta situación. La estrategia de Gómez Farías seguía tres líneas principalmente: enviar un mínimo de recursos al general Santa Anna para que su situación fuera desesperada, tener un fuerte apoyo en el Congreso para introducir la propuesta de ocupación de los bienes de la Iglesia y convencer finalmente al general Santa Anna de que la enajenación de los bienes de manos muertas era el único medio viable para allegarse recursos. Santa Anna en su desesperación aceptó la ocupación de estos bienes y lo manifestó explícitamente a Rejón, en carta del 2 de enero de 1847.47
Los diputados puros introdujeron en el Congreso un proyecto de decreto que constaba de seis artículos. Por el primer artículo se disponía la hipoteca o enajenación de los bienes de manos muertas hasta por 15 millones de pesos.48 El Congreso declaró sesión permanente para tratar el asunto. Entre los días 7 y 11 de enero, puros y moderados debatieron acaloradamente. Los moderados se oponían al decreto, lo consideraban peligroso y, según ellos, la sociedad entraría en alarma y al sacarlos a la venta, de golpe, los bienes del clero bajarían de valor y no se lograría el propósito buscado. Los puros mantenían su posición en el sentido de que los bienes de la Iglesia eran el único medio para salvar al país. Los puros ganaron la votación en lo general por cuarenta y cuatro contra cuarenta y un votos, pero los moderados lograron introducir modificaciones y limitaciones al proyecto original de los puros. Las dos facciones usaron todas las estrategias posibles para sacar adelante sus ideas: salirse de la Cámara para que no hubiera número, alargar las discusiones hasta extenuar a los oyentes, interrumpir a los oradores, discutir por palabras, puntos y comas.49
Dentro y fuera del Congreso prevaleció el faccionalismo. El mes de enero fue muy desfavorable para el gobierno de los liberales puros. La oposición de la Iglesia se generalizó y se extendió a otros grupos sociales. La sangre corrió en Querétaro, y en México hubo connatos de motines y tuvieron que nombrar un gobernador interino que quisiera publicar la Ley. Los moderados comenzaron a tender sus redes para precipitar la caída de Gómez Farías.50 Por si esto fuera poco, la Ley no tuvo los efectos deseados y el gobierno no contó con los recursos para el Ejército estacionado en San Luis Potosí. Las peticiones de Santa Anna a Gómez Farías subían de tono y las relaciones se enfriaban entre los líderes del movimiento de la Ciudadela. A finales de enero Santa Anna estaba desesperado. El 26 de enero, escribía dos cartas: una al Congreso y otra al vicepresidente. En la primera decía que era inconcebible la conducta del gobierno al no mandarle recursos, que la Ley del 11 de enero no había producido nada, que él sólo había dado una opinión sobre la ocupación de los bienes del clero y que la resolución había sido obra del Congreso.51 Las palabras al vicepresidente eran más duras: "(…) quedo impuesto de su apreciable del 20 con el más profundo sentimiento que ningún auxilio manda el Gobierno a estas sufridas tropas (…) Asombrado estoy de semejante conducta, y no sé como U. puede acostarse y dormir tranquilo, sabiendo que tiene un Ejército de más de 20,000 hombres que mantener, y al que más de un mes que hace empeñó U. las riendas del Gobierno no ha mandado U. un solo peso (…)"52. En esa misma carta informaría al vicepresidente que comenzaba a mover el Ejército hacia el norte, con los mínimos recursos que había podido obtener empeñando su nombre.
El futuro parecía incierto. Un enorme ejército, pero con mínimos recursos y soldados hambrientos, se movía hacia el norte, teniendo que cruzar el desierto para ir a dar la batalla decisiva de la guerra, mientras puros y moderados se hacían pedazos en el centro del país. En el Congreso, los moderados intentaron derogar la Ley del 11 de enero, por la gran oposición que había tenido en la sociedad y porque no había producido recurso alguno. Sin embargo, los puros se opusieron y, por el contrario, lograron pasar una nueva ley el 4 de febrero. Esta Ley otorgaba facultades extraordinarias al Ejecutivo en materia hacendaria para que pudiera obtener 5 millones de pesos, sin imponer préstamos forzosos, relajar las leyes prohibitivas, ocupar la propiedad de los particulares, ni celebrar contratos de colonización o enajenar el territorio nacional, ni disponer de los bienes exceptuados por el artículo segundo de la Ley del 11 de enero.53
Los moderados, derrotados en el Congreso, pensaron que la única forma de vencer a los puros, y sacar del gobierno a Gómez Farías, era a través de un pronunciamiento militar. Las cosas quedaron en suspenso durante el mes de febrero. Mientras tanto, el Ejército Mexicano, sin ser derrotado, perdía la Batalla de la Angostura. Santa Anna abandonó el campo de batalla, después de pelear bravamente los días 22 y 23 de febrero, cuando tenía la victoria al alcance, porque la tropa estaba exhausta, pues llevaba varios días sin probar alimento. El 27 de febrero, la Batalla de Sacramento abría el camino para que el general Doniphan ocupara la Ciudad de Chihuahua, el 1º de marzo de 1847.
