Para iniciar el programa de reproducción en cautiverio, se capturó en México el pie de cría.  Se obtuvieron cinco machos y una hembra gestante; uno de los machos se cree es hijo de la hembra, de estos cinco solo tres produjeron crías y entre ellos se encuentra el supuesto hijo de la única hembra fundadora.  Como ya se dijo la hembra estaba gestante al ser capturada y de esa camada sólo sobrevivieron machos (15).

   De todo lo anterior resulta que solo una hembra y tres machos fundaron el "Linaje registrado" mal llamado "certificado".

   En vista de la estrecha base genética, solo tres fundadores del linaje registrado, se propuso el uso de otros linajes de lobos mexicanos que ya existían en cautiverio (1).  Sin embargo esta propuesta fue rechazada argumentándose que si no se tenía la certeza absoluta de que fueran lobo mexicano puro, no podría incluirse ningún animal en el programa de reproducción en cautiverio.  Para definir que era un lobo mexicano puro, no se contaba con elementos mediables ni criterios definidos al respecto;  el aspecto externo no era suficiente objetivo, la craneomatría puede alterarse por la vida en cautiverio (1,20) y las pruebas genéticas disponibles entonces; cariotipos y electroforesis, no mostraban diferencias entre los miembros del género Canis (5,12.).

   Ante esta situación, el equipo para la recuperación del lobo mexicano decidió adoptar una definición convencional: "Para fines del programa de recuperación, un lobo gris mexicano, es un lobo de conocido origen mexicano, por ejemplo capturado dentro del rango histórico de Canisis lupus baileyi, o que sea descendiente de un linaje originado por lobos capturados dentro de tal rango histórico y que no presente hibridación conocida o identificable" (18).  De modo que solo el linaje registrado podía ser utilizado, con lo que se obtiene una población cautiva con un número pequeño de fundadores y una población efectiva muy pequeña (13).

   El número de fundadores es la cantidad de animales que provienen de una población fuente, por ejemplo de poblaciones libres y que establecen una población derivada; un auténtico fundador debe producir descendientes en la población derivada y no estar emparentado con otros fundadores ni ser consanguíneo (6).  En el caso del L-registrado, el número de fundadores sería de tres, si es cierto que un macho es hijo de la hembra.  El tamaño de la población efectiva es:  una medida de la forma en que los miembros de la población se están reproduciendo entre ellos para transmitir genes a la siguiente generación (6).

   Las restricciones al uso de animales diferentes a la subespecie que se trata de recuperar se explica porque lo que se pretende conservar es el acervo genético de la subespecie dentro del hábitat original, por lo tanto el uso de especies parecidas, híbridos o incluso animales de la misma especie, pero diferente subespecie es inaceptable (1,18).

   Según Foose (1990) las estrategias para la conservación de las especies amenazadas se deben basar en poblacione viables ya que estas especies están expuestas a problemas de tipo ambiental, demográfico y genéticos que pueden diezmar las poblaciones y causar extinción (6,21).

   Para todos estos problemas, cuanto más pequeña es la población y cuanto más tiempo permanezca así, los riesgos de extinción serán mayores y a menor plazo.

   En el caso del L-registrado de lobo mexicano, la estrecha base genética, escaso número de fundadores, pequeña población efectiva y alta consanguinidad, lo pueden hacer genéticamente inadecuado para una recuperación de la especie en vida libre a largo plazo (6,10,13,16,21).