Santa Anna llegó a México el 18 de mayo para iniciar las fortificaciones para su defensa. El Congreso, después de aprobar las reformas a la Constitución, prácticamente se había disuelto. Esto hacía crítica la situación, pues entre las medidas adoptadas le había arrebatado al Ejecutivo la facultad constitucional de firmar la paz.
Ocupados Veracruz, Jalapa y Puebla, la suerte de la capital estaba sellada. Scott se movió lentamente, pues temía la acción de las guerrillas y esperaba refuerzos para no exponerse a quedar aislado.
Al principio, sus relaciones con Trist fueron conflictivas, pero después llegaron a entenderse y hasta juntos sucumbieron a la tentación de ofrecer un soborno a Santa Anna. Éste, de nuevo, para ganar tiempo, aceptó, pero su conducta en la guerra parece disipar las dudas sobre una posible traición.
La tarea de Santa Anna era ímproba: tenía que conseguir dinero para sostener a las tropas y para hacer las obras de defensa, además de combatir la desmoralización general. En sus planes para la defensa mostró nuevamente ser un mal general: se empeñó en esperar el ataque por el camino de Puebla, a pesar de la sensata advertencia de sus generales de que era posible que Scott, después de reconocer el terreno, eligiera hacerlo por el sur.
Una vez que tuvo diez mil setecientos soldados, Scott inició la marcha el 7 de agosto y, eludiendo las fortificaciones de Santa Anna, el 16 una parte de sus hombres se encontraba frente a Tlalpan y otra avanzaba hacia San Ángel. Santa Anna tuvo que ordenar movimientos forzados hacia el sur y al general Gabriel Valencia que se retirara rumbo a Coyoacán. Valencia, al darse cuenta de que los norteamericanos avanzaban rumbo a Padierna, decidió desobedecer y resistir en esa posición.
El 19 de agosto presentó una fuerte resistencia, pero la batalla fue interrumpida por una terrible tormenta. Al día siguiente, calados hasta los huesos, los soldados enfrentaron en malas condiciones las hostilidades y no tardaron en ser derrotados. Inexplicablemente, Santa Anna, que estaba en San Ángel con tropas, no acudió a auxiliarlo, seguramente para castigar su desobediencia, pero al costo de un nuevo descalabro.
El mismo 20 tuvo lugar el ataque al Convento de Churubusco. La Guardia Nacional del Distrito, comandada por el general Anaya, se había trasladado del Peñón a Churubusco, a cargo del general Manuel Rincón. Santa Anna había mandado refuerzos y municiones el 19, pero fueron interceptados por las tropas de Worth. El general Alcorta hizo esfuerzos por rescatar los carros, pero no lo logró. Al amanecer el 20, no había en el Convento ni un artillero, ni otra artillería que una pieza pequeña. Santa Anna logró enviarles las cinco piezas con las que resistirían el ataque. Anaya y Rincón, conscientes de la escasez de pólvora, dispusieron no disparar hasta que los enemigos estuvieran a corta distancia. La decisión tuvo efecto y obligó a los atacantes a replegarse hasta que, repuestos de la sorpresa, reanudaron el ataque. Para sostener la posición se necesitaba abastecimiento de municiones, mas el enviado por Santa Anna sólo servía para los fusiles de la compañía de San Patricio, que había llegado como refuerzo. Los patricios, que sabían lo que les esperaba como desertores si eran vencidos, haciendo uso de las municiones sostuvieron el fuego con extraordinario valor. Al terminarse finalmente el parque cesaron los disparos del Convento y los defensores fueron hechos prisioneros. Los patricios sobrevivientes fueron juzgados militarmente y sufrieron una terrible condena: unos fueron colgados como traidores y otros fueron marcados con una D (de desertor) en la mejilla.
La toma de Churubusco, que también se le achaca a Santa Anna por imprevisión, determinó la concertación de un armisticio. Sin facultades para firmar la paz, Santa Anna nombró tres comisionados mexicanos para oír las condiciones que ofrecía Trist. Los mexicanos escucharon con cuidado las ofertas de Trist, pero terminaron por considerar que las exigencias territoriales de Estados Unidos eran inaceptables, y el armisticio se dio por concluido el día 6 de septiembre de 1847.
Reanudadas las hostilidades, el 8 de septiembre Scott recibió órdenes de atacar la Casa Mata y el Molino del Rey porque se tenían noticias de que la primera almacenaba municiones y de que el Molino fabricaba armas. La defensa fue larga, gracias al apoyo del fuego desde lo alto del Castillo de Chapultepec, pero al final sucumbieron. Una bomba cayó en la Casa Mata, volando la pólvora que había. La batalla costó a los norteamericanos ochocientos hombres. El costo para el campo mexicano también fue altísimo: murieron oficiales destacados como Antonio León y el coronel Balderas, así como los mejores cuerpos de la Guardia Nacional, además de que quedaron inutilizables tanto una de las piezas de grueso calibre de Chapultepec como una gran cantidad de parque.
La ciudad presentaba un aspecto imponente, y se notaba la agitación febril que precede a los grandes acontecimientos. La campana de la Catedral resonaba como un lúgubre y prolongado gemido: la policía multiplicaba sus providencias, y se notaba el marcado contraste entre aquellos que, patriotas diligentes y activos, cooperaban a que México se defendiera con la heroicidad de Numancia y Zaragoza, y los egoístas espantadizos que se preparaban a huir, desanimando a todos con los más funestos y sombríos presagios (...) (Apuntes)
El camino a la Ciudad de México estaba prácticamente abierto y el Ayuntamiento, mediante un bando, prevenía cómo iba a darse la alarma y cómo iban a conducirse los regidores. Todas las garitas tenían defensa de artillería ligera, que todos sabían no podría resistir la de largo alcance utilizada por los norteamericanos. Chapultepec se interponía en el camino, defendido por tropas del general Nicolás Bravo, por las guardias nacionales al mando de Santiago Xiconténcatl y por los cadetes del Colegio Militar. Algunos temían que Scott decidiera atacar directamente la ciudad.
Por unos días no hubo movimiento del enemigo situado en Tacubaya, con algunas partidas en San Ángel y Coyoacán y sus carros de abastecimiento en Mixcoac. El día 12, finalmente, la batería enemiga rompió fuego sobre la Garita del Niño Perdido, según parece para distraer la atención y situar a la artillería que atacaría Chapultepec, que al poco tiempo empezó a sufrir el fuego intermitente. La artillería de Chapultepec contestó con precisión, mientras Santa Anna movía algunas fuerzas hacia el puente de Chapultepec y él mismo entraba a reforzar la posición. El fuego se sostuvo de las cinco de la mañana hasta las siete de la noche, con estragos considerables que se trataron de reparar durante la noche, mientras llegaban fuerzas del estado de México al mando del gobernador Olaguíbel, que hasta entonces se había negado a proporcionarlas. Olaguíbel, por órdenes de Juan Álvarez, se situó en la Hacienda de los Morales.
El ataque se reanudó el 13 y el enemigo, formado en tres columnas, no tardó en ocupar el bosque y en trepar por las laderas de la colina. La resistencia más cerrada la dio el teniente coronel Xicoténcatl con su Batallón de San Blas, hasta que murió. Las tropas mexicanas resistieron con heroísmo, pero fueron vencidas. Con razón, los adolescentes cadetes, ya muertos, ya heridos, se convirtieron en el símbolo de la injusticia de la guerra emprendida por Estados Unidos.
El general Quitman creyó que con la toma de Chapultepec daba fin a la resistencia y mandó que sus tropas avanzaran hacia la Garita de Belén, mientras Worth lo hacía por la Verónica. Aunque el avance enfrentó resistencia, las tropas fueron cayendo una a una y replegándose hacia la Ciudadela. Esa misma noche, un consejo de guerra, convocado por Santa Anna, decidió que era imposible defender la ciudad y ordenó la salida del Ejército.
El Ayuntamiento de la Ciudad de México, por lo tanto, envió a dos regidores a pedir garantías al general Scott, quien a la una y media de la mañana accedió a respetar a la población.
La ciudad despertó el 14 totalmente indefensa y sorprendida por la entrada de las columnas de los generales Quitman y Worth desde las seis de la mañana. El propio Scott inició su entrada a las nueve. Mas al darse cuenta de este hecho, el pueblo se dispuso a defenderla a toda costa. Organizado en corrillos y al grito de guerra, se unió a los restos de la Guardia Nacional y, con el apoyo de vecinos de los barrios de la Alameda al Salto del Agua, se lanzó al ataque.
La reacción de los invasores no se hizo esperar, causando los males que temía el Ayuntamiento: cañonazos, puertas derribadas y saqueo de casas. El dispar combate se generalizó. El pueblo utilizó armas blancas, piedras y palos; los enemigos, cañones, fusiles y bayonetas, a pesar de lo cual les causaron grandes bajas.
El día transcurrió entre el tronido de la artillería y la gritería de los heridos. El intento provocó la ira y los deseos de venganza de los invasores, que se tradujo en toda clase de excesos. El Ayuntamiento trató de restablecer la calma, mientras el general Scott daba órdenes de que la casa de la que partiera cualquier tiro "fuera derribada por la artillería, dándose muerte a cuantos se encontrasen en ella".
La lucha todavía se reanudó el 15, confiado el pueblo en que con ello animaría al Ejército, que se había retirado, a volver. Sólo se calmó cuando, con desilusión, vio que no llegaba. Esa noche, mientras los norteamericanos celebraban con licor, música y desmanes la ocupación de la Ciudad de México, los mexicanos velaban a sus muertos y Santa Anna renunciaba a la Presidencia. De acuerdo con la Constitución, la Presidencia la ocupó Manuel de la Peña y Peña, presidente de la Suprema Corte de Justicia, y el gobierno se trasladó a Querétaro.
Las jornadas del Valle de México fueron costosas para los invasores al causarles dos mil setecientas tres bajas. No conocemos las bajas mexicanas, pero además de las muertes pesó sobre las conciencias el simbolismo, ya que ese año de 1847, el 16 de septiembre, aniversario del inicio de la Independencia, la bandera de las barras y las estrellas ondeaba en el Palacio Nacional.
