La noticia de las derrotas y de la ocupación de los puertos desmoralizaba a la población, que por todas partes recurría a formar guerrillas para hostilizar a los norteamericanos; la más famosa fue la del padre español Celedonio Domeco Jarauta. El enemigo no dejó de sufrir estos ataques imprevistos y de experimentar deserciones, como el famoso Batallón de San Patricio. Éste, formado por irlandeses que se identificaban con los mexicanos por la religión, tuvo también en sus filas a norteamericanos y a otros europeos.
La suspensión del avance de Taylor tenía un cariz político, pues las victorias del general lo convirtieron en posible candidato a la Presidencia por el Partido Whig, de manera que a partir de 1847 Polk fincó el éxito en la campaña que iba a seguir por "la ruta de Cortés". Polk había tratado de darle el grado máximo del Ejército al senador Benton para que lo comandara, pero su manipulación se frustró y tuvo que entregarle la jefatura al general Winfield Scott.
Scott había preparado sus fuerzas con tiempo y, para el 7 de marzo de 1847, las setenta naves que conducían sus tropas estaban frente a Veracruz y empezaban a bombardearlo el 9. El mal tiempo obligó a suspender las operaciones, pero el 23 se reanudó el bombardeo que se mantuvo sin cesar cuatro días. Los incendios y la falta de alimentos y medicinas sometieron a la población civil a enormes sufrimientos; se carecía de personal para atender a los heridos. El 26 la resistencia se había agotado y el 27 se negoció la capitulación. El 29 Scott convertía la hacienda del general Santa Anna en cuartel general, mientras una parte de sus tropas avanzaba hacia Jalapa. Como el pomposo general soñaba con "conquistar la paz", puso especial empeño en la disciplina y, cuando declaró el estado de sitio, incluyó a sus hombres para evitar los abusos que cometían las tropas, en especial los voluntarios.
Santa Anna, por su parte, emprendió la marcha a Veracruz el 2 de abril y movilizó sus tropas hacia Cerro Gordo, lugar en que pensaba detener a los norteamericanos, ya que Scott había escogido la ruta que iba por Jalapa, Perote y Puebla hacia la capital. El teniente coronel Manuel Robles, encargado por el general Valentín Canalizo de hacer el reconocimiento, concluyó que Cerro Gordo parecía una posición ventajosa para hostilizar a los enemigos, pero que no era el lugar adecuado para disputarles el paso pues, aunque parecía que éste podía ser cortado fácilmente, el problema era que carecía de agua. No obstante, Santa Anna no tomó en cuenta estas consideraciones y dispuso que se procediera a fortificarlo.
El sol abrasador, la escasez de alimentos y de agua, junto con los mosquitos, provocaron toda clase de enfermedades a los soldados. El ejército enemigo permaneció acampado sin emprender el ataque, esperando el momento más oportuno. El 14 de abril, Santa Anna ordenó a Canalizo hacer un reconocimiento y la captura de algunos prisioneros para que Ángel Trías los interrogase. Por los prisioneros se supo que las fiebres también hacían estragos en los norteamericanos. El 17, el general Lino Alcorta se tropezó con una parte de las fuerzas enemigas y las batió en retirada. Ese día se logró rechazarlas, pero con unos doscientos soldados mexicanos muertos. Mas este ataque preliminar había tenido lugar por el flanco derecho, lo que hizo a Santa Anna concentrarse en él, sin saber que el capitán Robert E. Lee había encontrado el camino que bordeaba el flanco izquierdo mexicano para atacarlo.
Al amanecer el 18 tronaron los cañones enemigos, muestra de que Scott había preparado el ataque perfectamente. A las diez de la mañana había derrotado a las tropas mexicanas, que se desbandaron para huir del alcance de la artillería norteamericana. El mismo Santa Anna apenas tuvo tiempo de escapar. Las pérdidas mexicanas fueron tan altas y la dispersión tal, que los esfuerzos por reunirlas en Orizaba fracasaron; por tanto, el veracruzano se retiró a Puebla, adonde entró el 11 de mayo después de un intento fracasado de detener el avance de Scott en Amozoc. Como no logró el apoyo que necesitaba en Puebla, se dirigió a San Martín Texmelucan, en donde una junta de generales decidió que todas las tropas debían concentrarse en la defensa de la capital. Con los siete mil cien hombres que le quedaban, Scott continuó el avance rumbo a Puebla. La ciudad, sin medios para resistir, fue ocupada por el general Worth el 15 de mayo y el 28 entró Scott. Unos días más tarde se les unió el comisionado norteamericano para firmar la paz, Nicholas Trist, quien a través de los representantes británicos anunció su presencia a las autoridades mexicanas.
