En septiembre de 1847 la situación de la República era incierta. Gran parte del territorio estaba ocupado y muchas zonas podían serlo fácilmente, mientras otras sufrían insurrecciones o estaban totalmente aisladas. Santa Anna intentó una vez más improvisar otro ejército, pero lo imposibilitaron la depresión colectiva y su desprestigio. Después de unas escaramuzas, decidió exiliarse, esta vez a Colombia.
Parecía que la república desaparecería, fragmentada o absorbida totalmente, como pedían los expansionistas norteamericanos, ensoberbecidos por las noticias de las victorias, y algunos mexicanos puros. Los hombres que acompañaban a De la Peña estaban conscientes de la profunda debilidad de la situación y querían salvar la "nacionalidad". Consideraban indispensable reorganizar el gobierno de acuerdo con la Constitución, para firmar un Tratado de Paz. Algunos puros y los monarquistas hablaban de pelear hasta el último hombre, aunque a todas luces era imposible. No restaban más que ocho mil ciento nueve hombres del Ejército, mal armados, mal comidos, sin esperanza de recibir sueldo y repartidos en diez estados. Las rentas públicas, enajenadas por los invasores, dejaban al gobierno sin recursos y muchos estados se oponían a reconocer el gobierno provisional o bien padecían toda clase de males.
Don Manuel de la Peña puso reparos en aceptar el Ejecutivo, pero al final decidió servir a la Nación y, custodiado por una parte del Ejército al mando del general Herrera, después de jurar el cargo en Toluca, partió rumbo a Querétaro. Como buen jurisconsulto, era consciente de que para legitimar las acciones del gobierno provisional necesitaba reunir al Congreso y obtener el apoyo de los gobernadores, para así acordar la conducta a seguir y convocar elecciones para uno nuevo. Don Mariano Otero se multiplicó en la tarea de instar a los representantes a trasladarse a la capital temporal y poco a poco fueron llegando a ella. Querétaro se vio invadida de repente, y éstos se acomodaron en "mesones, casas particulares, accesorias, chozas y hasta conventos".
El comisionado norteamericano Trist, a través del ministro británico, comunicó al gobierno su disposición para las negociaciones de paz. En el ejercicio del Ejecutivo, de octubre a mayo de 1848, se iban a alternar De la Peña y Pedro María Anaya. Pero, en cuanto el gobierno tuvo visos de alguna normalidad, se nombró a Bernardo Couto, Luis G. Cuevas y Miguel Atristáin como comisionados mexicanos, lo que se comunicó a Trist. El comisionado norteamericano advirtió poco después que había recibido instrucciones de regresar a Washington, seguramente porque Polk quería ahora más territorio. El gobierno le hizo saber que su compromiso con él era previo y, después de muchas dudas, Trist terminó por vencerlas y se quedó. Esta decisión sería muy costosa para él.
No sin dificultades e interrupciones, durante enero de 1848 tuvieron lugar las negociaciones, en las que los mexicanos usaron con habilidad el derecho internacional. Trist, por su parte, aunque comprendía la injusticia de las condiciones, sentía que tenía que apegarse a las mínimas exigidas por Polk, pues de otra manera éste desconocería el Tratado y continuaría la guerra. Los comisionados mexicanos al final tuvieron que ceder a las condiciones rechazadas en agosto. El Tratado fue firmado en la Villa de Guadalupe Hidalgo el 2 de febrero de 1848.
Se cedieron los ambicionados Nuevo México y California, lo mismo que la franja entre los ríos Nueces y del Norte. Se salvó la Baja California, unida por tierra con Sonora, y Tehuantepec. La indemnización, por daños y prorrateo de la deuda exterior de México correspondiente a los territorios perdidos, se rebajó a 15 millones. De ninguna manera era pago por las provincias perdidas que habían sido conquistadas por la fuerza de las armas. El artículo 11 favorecía a México al comprometer a Estados Unidos a garantizar que las tribus indígenas que asolaban el norte no traspasarían la frontera. Por desgracia nunca se cumplió y fue abolido en el Tratado de la Mesilla. Dos artículos garantizaron los derechos de los mexicanos residentes en los territorios enajenados y el poder salir, si preferían hacerlo. Estos artículos también fueron violados, sobre todo en California, donde los más antiguos pobladores serían considerados como extranjeros para trabajar en los placeres del oro.
Trist envió el Tratado a Polk, quien lo recibió el 19 de febrero con enorme disgusto, pero por consideraciones políticas lo remitió al Senado para su aprobación. Éste lo aprobó el 10 de marzo, después de omitir el artículo 10, que se refería a tierras texanas. El gobierno mexicano no lo dio a conocer sino al reunirse el nuevo Congreso, inaugurado el 7 de mayo. En su discurso de apertura de sesiones, don Manuel recordó el contexto en el que se había hecho cargo del gobierno, subrayando el que se hubiera salvado a la Nación y el sentimiento profundo que le causaba
(...) la separación de la unión nacional de los mexicanos de la Alta California y del Nuevo México; y quiero dejar consignado un testimonio del interés con que mi Administración ha visto a aquellos ciudadanos. Puedo aseguraros, señores, que su suerte futura ha sido la dificultad más grave que he tenido para la negociación; y que si hubiera sido posible se habría ampliado la cesión territorial con la condición de dejar libres las poblaciones mexicanas (...)
Los moderados sentían gran temor al presentar el Tratado, pues los puros hacían una propaganda tenaz en su contra y apoyaban la coalición de estados descontentos. Las comisiones de Relaciones aconsejaron la aprobación y el 19 de mayo se votó en la Cámara y fue aprobado por 51 diputados contra 35. El resultado del Senado, que lo votó el 21, fue de 33 contra 4. De manera que el día 30 se canjearon las ratificaciones con los comisionados norteamericanos. Ese mismo día, la Cámara calificó los votos de los estados para Presidente de la República, que recayeron en José Joaquín de Herrera.
Las consecuencias de la guerra desde luego fueron importantes. La pérdida de vidas para Estados Unidos fue de unas quince mil; la mexicana nunca podrá saberse, pues la superioridad de la artillería norteamericana convirtió en verdadera carnicería la guerra. Estados Unidos se convertía en una potencia continental y México quedaba reducido a la mitad de su territorio, resignado a renunciar a los sueños que abrigaba para su futuro desde el siglo XVIII.
La guerra significó un parteaguas en la política, pues la generación que había presenciado la vida novohispana iba a ceder su lugar a los hombres que habían nacido ya en el México independiente. Los dos países sufrirían terribles guerras civiles que definirían su destino. México, una intervención extranjera más, pero como muestra de que había aprendido la lección, la gran mayoría de sus ciudadanos sería capaz de reaccionar con mayor unidad.
