De acuerdo con las órdenes del secretario de Marina, las flotas norteamericanas procedieron a bloquear los puertos importantes del Golfo y del Pacífico. Esta medida tuvo grandes consecuencias para el gobierno federal, pues lo privaron de su ingreso principal: los impuestos sobre importaciones y exportación de plata.
Una vez caído Matamoros se inició el asedio a Tampico, segundo puerto de la República que fue ocupado por Conner el 17 de noviembre de 1846, al evacuarlo Parrodi. Tuxpan fue ocupado en abril del 47 y Ciudad del Carmen, en mayo. Guaymas, Mazatlán, La Paz, San Blas y Manzanillo se ocuparían sucesivamente, permaneciendo así hasta mediados de 1848.
Los norteamericanos abrieron los puertos y bajaron los aranceles, lo que incrementó el comercio, ya que los artículos se vendieron en el interior a través de un intenso y productivo contrabando. El gobierno lo prohibió, pero sus disposiciones fueron violadas por los propios generales, tales como Urrea.
Yucatán, separado de la obediencia del gobierno centralista, no volvió a la Unión al restablecerse el federalismo pues decidió declararse neutral para evitar que el bloqueo de sus puertos de Campeche y Sisal arruinara su comercio, del que dependía la entrada de muchos alimentos. Además, en 1847 sería víctima de la cruenta guerra de castas que, al amenazar a la población criolla, inclinó a su gobierno a buscar la anexión a Estados Unidos o a España para salvarla.
Para los norteamericanos, de todas formas, la meta principal era la conquista de Nuevo México y, en especial, de California, verdadero objetivo de la guerra. El general Stephen Kearny partió el 30 de junio con cerca de tres mil hombres, entre soldados y comerciantes, avituallados con casi cuatrocientos vagones y veinticuatro piezas de artillería. En menos de dos meses cruzarían mil kilómetros para llegar a Santa Fe, en los cuales el principal obstáculo serían los caminos.
El gobernador de Nuevo México, Manuel Armijo, que contaba con sólo trescientos hombres de fuerzas regulares, decidió movilizar milicias para la defensa y el 14 de julio invitó a los "notables" para discutir la situación. Había enviado exploradores para informarse del avance de las fuerzas enemigas, pero éstos no encontraron sus rastros y Armijo disolvió las milicias. Poco después, el 7 de agosto, un mensaje de Kearny enviado desde la frontera de la provincia le anunciaba sus intenciones de ocupar Nuevo México. Armijo, de acuerdo con los miembros de la Asamblea Departamental, contestó que resistiría, pero, abatido por las dudas, en otra comunicación trató de convencer a Kearny de que Nuevo México nunca había formado parte de Texas, con un lenguaje que denotaba la debilidad del punto. Al mismo tiempo, procedió a preparar la defensa y hasta eligió como lugar para dar la batalla el cañón Apache.
Con entusiasmo, cuatro mil habitantes se reunieron en el lugar para construir barricadas. Mientras Kearny iba ocupando las pequeñas villas en su camino y haciendo que las poblaciones juraran obediencia a la república del norte, el pusilánime Armijo recibía el 12 de agosto la visita del comerciante James Magoffin, quien lo convencería de la imposibilidad de resistir. Vulnerada su poca convicción, Armijo ordenó la disolución de la milicia, despertando las sospechas de que o Magoffin lo había sobornado o de que lo hacía por razón de sus intereses comerciales con los norteamericanos. Lo cierto es que, incapaz de enfrentar el desafío de los novomexicanos, huyó a Chihuahua, dejando en la gubernatura a Juan Bautista Vigil. Para mitigar su responsabilidad, comunicó a Kearny que emprendía una retirada estratégica para buscar refuerzos y recibir órdenes del gobierno nacional.
La actitud de Armijo produjo el pánico de la población, que dejó la ciudad. Los voluntarios abandonaron el cañón y el 18 de agosto Kearny entró sin resistencia a Santa Fe, recibido por Juan Bautista Vigil, quien afirmó: "en el nombre de todo el departamento, protesto obediencia a la República del Norte".
La mayoría de los novomexicanos no aprobaba la anexión, de manera que el 20 se reunió secretamente la Asamblea para informar al gobierno y procurar ayuda militar, al tiempo que el gobernador de Chihuahua, Ángel Trías, organizaba una expedición para rescatar Nuevo México. La empresa era casi imposible, pues el 19 llegó el coronel Alexander Doniphan con refuerzos: con casi cinco mil soldados bien armados ocupaba Santa Fe. Kearny nombró a Charles Bent gobernador y a Donaciano Vigil, secretario, e inició la ocupación de otras poblaciones sin más resistencia que el asesinato de soldados enemigos y la organización de conspiraciones. Algunos intentos de rebelión fracasaron al ser descubiertos, pero en Taos se refugiaron muchos de los descontentos, que se pusieron de acuerdo con los indígenas dispuestos a rebelarse. Aprovechando esa situación en el norte, Pablo Montoya se sublevó. Después de asesinar a Bent, a su familia y a algunos otros norteamericanos, los rebeldes tomaron posesión del lugar. La sublevación se extendió a la mayoría de las poblaciones, pero la superioridad de armamento aseguró su sometimiento, que terminó con la ejecución de los "culpables".
Kearny partió el 25 de septiembre hacia California, después de informar a Polk del cumplimiento de su primera estación, quien el 2 de octubre se regocijaba con la noticia. Doniphan, con mil hombres, marchó rumbo a Chihuahua a finales de octubre, inflingiendo a Trías la derrota de Temascalitos en las afueras de El Paso el 25 de diciembre de 1846, lo que aseguró que no pudiera emprenderse una expedición de reconquista. La victoria le abrió el paso para ocupar Chihuahua, que cayó después de la derrota de Sacramento, el 28 de febrero de 1847. Más tarde, Doniphan recibió órdenes de unirse al ejército de Taylor.
Kearny avanzó hacia el objetivo más importante, que parecía mucho más sencillo tanto porque el terreno estaba abonado desde principios de la década de 1840, como porque se sabía que estaba deshabitado y sin defensa, pues los habitantes habían expulsado a las tropas permanentes. El "filibustero" John Fremont había realizado una extensa exploración durante 1843-1844, que estimuló la infiltración de norteamericanos hacia esa tierra prometida. El gobierno había dado instrucciones al cónsul Thomas Larkin, avecindado como comerciante en Monterrey y casado con una mexicana, de promover la anexión pacífica para facilitar la ocupación ordenada a la flota norteamericana que desde 1840 merodeaba la costa.
Fremont había emprendido su vuelta a California en 1845, patrocinado por su suegro, el senador expansionista Thomas Benton. En diciembre, Fremont y sus rifleros estaban en el fuerte de Johann Sutter, el suizo que había adquirido el armamento de los rusos al abandonar éstos el puerto Bodega, al norte de San Francisco, quien acogía siempre a los norteamericanos. En febrero, Fremont solicitó permiso para una comisión científica, obteniéndolo del comandante José María Castro, con la condición de no abandonar el valle de Sacramento. Después de algunas correrías, inició varios asaltos para obtener caballos y armamento. De manera que cuando apareció el comandante Sloat en la costa, decidió desafiar la orden de expulsión de Castro y el 4 de julio de 1846 proclamó la independencia de California. Después de desplegar una bandera como insignia de la república del Oso, inició su marcha hacia Monterrey. Por entonces no se tenían noticias en California del estado de guerra entre los dos países, pero el comodoro John Sloat pensó que Fremont tenía instrucciones y desembarcó el 7 de julio y ocupó Monterrey sin resistencia y el 9 tomó San Francisco. Unos días más tarde, al aparecer Robert Stockton, Sloat le entregó el mando. Stockton se dirigió hacia el sur junto con Fremont. En Los Ángeles se enteraron el 17 de agosto de que había estallado la guerra, por lo que Stockton procedió a declarar la anexión de California a Estados Unidos y nombró alcalde a Arnold Gillespie.
Mas Los Ángeles, como punto más poblado, no se resignó a la anexión y, a finales de septiembre, estalló una sublevación. Stockton reapareció en octubre con dos barcos para reforzar a Gillespie, pero los californios lograron derrotarlo. Los Ángeles se recobró. La llegada de Kearny a San Diego en diciembre significó un refuerzo. Éste enfrentó la primera batalla el 6 de diciembre y, además de ser derrotado, perdió un brazo. Los rebeldes se sostuvieron hasta que una concentración de fuerzas por mar y tierra los acorraló. La poderosa artillería dio triunfos en San Gabriel, el 8 de enero, y en Los Ángeles, el 10 de enero de 1847. El 13, con el armisticio de Cahuenga, se consolidó la anexión de California, aunque siguieron presentándose resistencias aisladas.
